Question

我正在使用R进行药效学分析，而且我对编程很新。

问题是，我正在进行线性回归分析，将来我会执行更高级的方法。因为我正在执行大量的分析（而且每次运行脚本时我都懒得手动复制粘贴），我想将分析的摘要保存到文件中。我尝试过不同的方法，但似乎没什么用。

我正在寻找的是以下（最好）一个文本文件：

X_Y <- lm(X ~ Y)
sum1 <- summary(X_Y)

> sum1

Call:
lm(formula = AUC_cumulative ~ LVEF)

Residuals:
    Min      1Q  Median      3Q     Max 
-910.59 -434.11  -89.17  349.39 2836.81 

Coefficients:
             Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)    
(Intercept) 1496.4215   396.5186   3.774 0.000268 ***
LVEF           0.8243     7.3265   0.113 0.910640    
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

Residual standard error: 619.9 on 104 degrees of freedom
  (32 observations deleted due to missingness)
Multiple R-squared:  0.0001217, Adjusted R-squared:  -0.009493 
F-statistic: 0.01266 on 1 and 104 DF,  p-value: 0.9106

我已经搜索了将汇总函数保存到.csv或.txt的方法，但这些文件并不以我能理解的方式表示数据。

我尝试过的事情：

fileConn <- file("output.txt")
writeLines(sum1, fileConn)
close(fileConn)

返回：

Error in writeLines(sum1, fileConn) : invalid 'text' argument

尝试使用write.table命令：

> write.table(Sum1, 'output.csv', sep=",", row.names=FALSE, col.names=TRUE, quote=FALSE)
Error in as.data.frame.default(x[[i]], optional = TRUE, stringsAsFactors = stringsAsFactors) : cannot coerce class ""summary.lm"" to a data.frame

使用write命令：

> write(sum1, 'output.txt')
Error in cat(list(...), file, sep, fill, labels, append) : argument 1 (type 'list') cannot be handled by 'cat'

然后我越来越接近以下内容：

> write.table(sum1, 'output.csv', sep=",", row.names=FALSE, col.names=TRUE, quote=FALSE)

但是这个文件没有与打印摘要相同的可读信息

我希望有人能提供帮助，因为这是我的高级编程方式。

Answer 1

我认为一个选项可能是sink()，它会将结果输出到文本文件而不是控制台。在没有您的数据集的情况下，我使用cars作为示例：

sink("lm.txt")
print(summary(lm(cars$speed ~ cars$dist)))
sink()  # returns output to the console

lm.txt现在看起来像这样：

Call:
lm(formula = cars$speed ~ cars$dist)

Residuals:
    Min      1Q  Median      3Q     Max 
-7.5293 -2.1550  0.3615  2.4377  6.4179 

Coefficients:
            Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)    
(Intercept)  8.28391    0.87438   9.474 1.44e-12 ***
cars$dist    0.16557    0.01749   9.464 1.49e-12 ***
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

Residual standard error: 3.156 on 48 degrees of freedom
Multiple R-squared:  0.6511,    Adjusted R-squared:  0.6438 
F-statistic: 89.57 on 1 and 48 DF,  p-value: 1.49e-12

@Roland对knitr的建议更为复杂，但值得一提，因为您可以轻松地将输入，文本输出和数字编织到一个报表或html文件中。

Answer 2

上面的建议很有用。根据您的需要，您可以对表的系数和glance（）使用tidy（）函数。

library( broom )
a <- lm(cars$speed ~ cars$dist)
write.csv( tidy( a ) , "coefs.csv" )
write.csv( glance( a ) , "an.csv" )

Answer 3

如果您想将数据重新导入R但仍希望将其放入文本文件中，还有dput，例如，

dput(summary(lm(cars$speed~cars$dist)),file="summary_lm.txt",control="all")

这允许通过

重新导入摘要对象

res=dget("summary_lm.txt")

让我们检查一下res

的课程

class(res)
[1] "summary.lm"

Answer 4

尝试apaStyle包：

library(apaStyle)
apa.regression(reg1, variables = NULL, number = "1", title = " title ",
               filename = "APA Table1 regression.docx", note = NULL, landscape = FALSE, save = TRUE, type = "wide")

如何将摘要（lm）保存到文件中？

4 个答案: