为什么使用qsub提交作业未知?

时间:2015-05-07 13:37:54

标签: bash pbs qsub

创建一个PBS脚本文件,在具有256 GB RAM和两个CPU的服务器上运行长期作业,每个CPU有12个内核和24个线程,产生48个计算单元。我试着去做,但我觉得有些不对劲。 我创建了一个名为run_trinity的PBS脚本,并使用qsub命令(qsub run_trinity.sh)将其提交到服务器,该命令位于包含我所需程序(三位一体)和数据的同一目录中,并返回类似47.chpc的内容。但是当我尝试使用qstat命令检查作业的状态时,它说:未知的作业ID 47.chpc。我是一名生物学学生,在这个领域真的很新,请你帮我弄清楚发生了什么?这是我的PBS脚本:

#!/bin/bash
#PBS -N run_trinity
#PBS -l nodes=1:ppn=6
#PBS -l walltime=100:00:00
#PBS -l mem=200gb
#PBS -j oe
#Set stack size to unlimited
ulimit -s unlimited

cd /home/mary/software/trinityrnaseq_r20140717

perl /home/mary/software/trinityrnaseq_r20140717/Trinity.pl --seqType fq --JM 200G --normalize_reads --left reads8_1.fq.gz --right reads8_2.fq.gz --SS_lib_type FR --CPU 6 --full_cleanup --output /home/mary/software/trinityrnaseq_r20140717

期待听到您完美的解决方案。

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