Question

我在我的ubuntu 14.04上使用Sun Grid Engine将我的作业排队，以便在我的多核CPU上运行。我在我的系统上安装并设置了SGE，但测试时遇到问题。我创建了一个“hello_world”目录，其中包含两个名为“hello_world.sh”的shell脚本。 “hello_world_qsub.sh”首先包括一个简单的命令，第二个包括qsub命令，以提交第一个脚本文件作为要运行的作业。这是“hello_world.sh”包含的内容：

#!/bin/bash

echo "Hello world" > /home/theodore/tmp/hello_world/hello_world_output.txt

以下是“hello_world_qsub.sh”包含的内容：

#!/bin/bash

qsub \
  -e /home/hello_world/hello_world_qsub.error \
  -o /home/hello_world/hello_world_qsub.log \
  ./hello_world.sh

在给予第二个sh文件的权限并使用指定目录中的“./hello_world_qsub.sh”命令运行它之后，输出是合理的：

Your job 1 ("hello_world.sh") has been submitted

但是“qstat”命令的输出令人沮丧：

    job-ID  prior   name       user         state submit/start at     queue                          slots ja-task-ID 
    -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------
     1 0.50000 hello_worl mhr          qw    05/16/2016 20:26:23                                    1

“状态”列始终保持在“qw”状态，永远不会更改为“r”。

这是“qstat -j 1”命令的输出：

==============================================================
job_number:                 1
exec_file:                  job_scripts/1
submission_time:            Mon May 16 20:26:23 2016
owner:                      mhr
uid:                        1000
group:                      mhr
gid:                        1000
sge_o_home:                 /home/mhr
sge_o_log_name:             mhr
sge_o_path:                 /usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games
sge_o_shell:                /bin/bash
sge_o_workdir:              /home/mhr/hello_world
sge_o_host:                 localhost
account:                    sge
stderr_path_list:           NONE:NONE:/home/hello_world/hello_world_qsub.error
mail_list:                  mhr@localhost
notify:                     FALSE
job_name:                   hello_world.sh
stdout_path_list:           NONE:NONE:/home/hello_world/hello_world_qsub.log
jobshare:                   0
env_list:                   
script_file:                ./hello_world.sh
scheduling info:            queue instance "mainqueue@localhost" dropped because it is temporarily not available
                        All queues dropped because of overload or full

这是“qhost”命令的输出：

HOSTNAME                ARCH         NCPU  LOAD  MEMTOT  MEMUSE  SWAPTO  SWAPUS
-------------------------------------------------------------------------------
global                  -               -     -       -       -       -       -
localhost               -               -     -       -       -       -       -

我该怎样做才能让我的工作顺利完成并完成任务？

Answer 1

从你的qhost输出，它看起来像你的机器＆＃34; localhost＆＃34;在SGE中正确配置。但是，在＆＃34; localhost＆＃34; sge_execd未运行或未正确配置。如果是，qhost将报告＆＃34; localhost＆＃34;。

的统计信息

Answer 2

我的问题解决了。正如@Finch_Powers所说，问题是关于sge_execd。 gridengine-exec安装不正确。一旦我重新安装它，问题就解决了。

SGE提交的工作没有运行

2 个答案: