Question

所以我有下表：

118.00  12.00   25.00   161.00  26.00   2.00    9.00    47.00
76.00   218.00  1.00    21.00   11.00   64.00   0.00    9.00
53.00   124.00  2.00    51.00   86.00   25.00   25.00   0.00    20.00   14.00
212.00  104.00  38.00   46.00

我按以下方式解析它：

data2 <- read.table('to_r.txt', fill=T)

然后我想对每一行做些什么。更具体地说，将其转换为列联表（2xN矩阵）并执行精确的Fisher测试。我没有问题手动提取一行并做我想要的。

myrow = na.omit(as.numeric(as.vector(data2[4,])))
fisher.test(matrix(myrow, nrow = 2, byrow=TRUE))

但是我想问一下如何迭代表的各行？因此函数将输出每行的静态。我尝试过apply（）函数，但它对我不起作用。

Answer 1

您可以使用apply生成Fisher测试结果列表：

tests <- apply(data2, 1, function(x) fisher.test(matrix(na.omit(x), nrow=2, byrow=TRUE)))

然后，您可以使用标准列表索引

访问特定于行的测试

tests[[4]]
#   Fisher's Exact Test for Count Data
# 
# data:  matrix(na.omit(x), nrow = 2, byrow = TRUE)
# p-value = 0.0003517
# alternative hypothesis: true odds ratio is not equal to 1
# 95 percent confidence interval:
#  1.467850 4.151196
# sample estimates:
# odds ratio 
#   2.461669

如果您想要每行的p值向量，您可以尝试：

apply(data2, 1, function(x) fisher.test(matrix(na.omit(x), nrow=2, byrow=TRUE))$p.value)
# [1] 0.5809118696 0.0803221157 0.0113166667 0.0003516986

如何在R中的每一行上执行操作（apply（）？）

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