我有一个小表汇总数据,其中包括四个类别的优势比,上限和下限,每个类别中有六个级别。我想使用ggplot2生成一个图表,它看起来类似于你指定lm时创建的常用图表,但是我喜欢R只是为了使用预先指定的值我在我的桌子上。我设法用错误条创建折线图,但这些重叠并使其不清楚。数据如下所示:
interval OR Drug lower upper
14 0.004 a 0.002 0.205
30 0.022 a 0.001 0.101
60 0.13 a 0.061 0.23
90 0.22 a 0.14 0.34
180 0.25 a 0.17 0.35
365 0.31 a 0.23 0.41
14 0.84 b 0.59 1.19
30 0.85 b 0.66 1.084
60 0.94 b 0.75 1.17
90 0.83 b 0.68 1.01
180 1.28 b 1.09 1.51
365 1.58 b 1.38 1.82
14 1.9 c 0.9 4.27
30 2.91 c 1.47 6.29
60 2.57 c 1.52 4.55
90 2.05 c 1.31 3.27
180 2.422 c 1.596 3.769
365 2.83 c 1.93 4.26
14 0.29 d 0.04 1.18
30 0.09 d 0.01 0.29
60 0.39 d 0.17 0.82
90 0.39 d 0.2 0.7
180 0.37 d 0.22 0.59
365 0.34 d 0.21 0.53
我试过这个:
limits <- aes(ymax=upper, ymin=lower)
dodge <- position_dodge(width=0.9)
ggplot(data, aes(y=OR, x=days, colour=Drug)) +
geom_line(stat="identity") +
geom_errorbar(limits, position=dodge)
并寻找一个合适的答案来创造一个漂亮的情节,但我感到沮丧!
任何帮助都非常感谢!
答案 0 :(得分:12)
您需要以下几行:
p<-ggplot(data=data, aes(x=interval, y=OR, colour=Drug)) + geom_point() + geom_line()
p<-p+geom_ribbon(aes(ymin=data$lower, ymax=data$upper), linetype=2, alpha=0.1)
答案 1 :(得分:1)
这是使用polygon()的基本R方法,因为@jmb在注释中请求了解决方案。请注意,我必须为要绘制的多边形定义两组x值和关联的y值。它通过绘制多边形的外部参数来工作。我定义绘图类型='n'并分别使用points()来获取多边形顶部的点。我个人的喜好是上面的ggplot解决方案,因为多边形()非常笨重。
library(tidyverse)
data('mtcars') #built in dataset
mean.mpg = mtcars %>%
group_by(cyl) %>%
summarise(N = n(),
avg.mpg = mean(mpg),
SE.low = avg.mpg - (sd(mpg)/sqrt(N)),
SE.high =avg.mpg + (sd(mpg)/sqrt(N)))
plot(avg.mpg ~ cyl, data = mean.mpg, ylim = c(10,30), type = 'n')
#note I have defined c(x1, x2) and c(y1, y2)
polygon(c(mean.mpg$cyl, rev(mean.mpg$cyl)),
c(mean.mpg$SE.low,rev(mean.mpg$SE.high)), density = 200, col ='grey90')
points(avg.mpg ~ cyl, data = mean.mpg, pch = 19, col = 'firebrick')