如何使用ggplot（）绘制glht（）置信区间？

Question

使用(get-first-assessor t-conn {})包中的glht()，可以计算不同治疗方案的置信区间，如此（source）：

multcomp

然后可以使用Simultaneous Confidence Intervals Multiple Comparisons of Means: Tukey Contrasts Fit: lm(formula = Years ~ Attr, data = MockJury) Quantile = 2.3749 95% family-wise confidence level Linear Hypotheses: Estimate lwr upr Average - Beautiful == 0 -0.3596 -2.2968 1.5775 Unattractive - Beautiful == 0 1.4775 -0.4729 3.4278 Unattractive - Average == 0 1.8371 -0.1257 3.7999 显示这些间隔：

是否可以使用plot()绘制这些间隔（为了保持一致性和美观性）？如果是这样，怎么样？

如果没有，是否有解决方法使输出类似于ggplot()图表？

Answer 1

如果将confint的输出转换为数据框，则可以直接在ggplot2中绘制输出。以下是一种方法（使用帮助文件中的glht示例），该方法使用tidy中的broom函数将confint()输出转换为适合的library(multcomp) library(tidyverse) library(broom) lmod <- lm(Fertility ~ ., data = swiss) m = glht(lmod, linfct = c("Agriculture = 0", "Examination = 0", "Education = 0", "Catholic = 0", "Infant.Mortality = 0")) confint(m) %>% tidy %>% ggplot(aes(lhs, y=estimate, ymin=conf.low, ymax=conf.high)) + geom_hline(yintercept=0, linetype="11", colour="grey60") + geom_errorbar(width=0.1) + geom_point() + coord_flip() + theme_classic() 数据框绘图：

geom_segment

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置信区间的曲线结束

我不确定向错误栏添加弯曲末端的简单方法，您可以使用confint(m) %>% tidy %>% ggplot(aes(x=lhs, y=estimate)) + geom_hline(yintercept=0, linetype="11", colour="grey60") + geom_segment(aes(xend=lhs, y=conf.low, yend=conf.high), size=0.4, arrow=arrow(ends="both", length=unit(0.05, "inches"), angle=70)) + geom_point() + coord_flip() + theme_classic() 和带有浅箭头角度的箭头来近距离接触。

lhs

lhs订购

在排序方面，estimate将按字母顺序排序，除非将其转换为具有特定订单的因子。例如，下面我们按confint(m) %>% tidy %>% arrange(estimate) %>% mutate(lhs = factor(lhs, levels=unique(lhs))) %>% # unique() returns values in the order they first appear in the data ggplot(aes(x=lhs, y=estimate)) + geom_hline(yintercept=0, linetype="11", colour="grey60") + geom_segment(aes(xend=lhs, y=conf.low, yend=conf.high), size=0.4, arrow=arrow(ends="both", length=unit(0.05, "inches"), angle=70)) + geom_point() + coord_flip() + theme_classic() 的值排序。

conda install -c asmeurer pattern