Python igraph顶点索引

时间:2015-04-18 10:09:34

标签: python indexing igraph

我在python中使用igraph库。我想知道是否有一种使用字符串作为顶点索引的方法。我知道'name'属性,我可以写

g = igraph.Graph(directed=True)
g.add_vertex('hello')
g.add_vertex('world')
g.add_edge('hello','world')

一切正常。除非我添加两次相同的顶点,例如:

g = igraph.Graph(directed=True)
g.add_vertex('world')
g.add_vertex('hello')
g.add_vertex('hello')

创建两个不同的顶点,如果我现在添加一个边:

g.add_edge('hello','world')

将边添加到匹配'hello'的第一个顶点作为名称。这也表明这种形式的索引具有O(n)复杂度而不是O(1)(即,扫描整个顶点列表直到找到v['name'] == 'hello'的顶点v。)

所以我在考虑保持顶点名称和索引之间的映射,例如:

mapping = {}
g = igraph.Graph(directed=True)
g.add_vertex('hello')
mapping['hello'] = len(g.vs)-1
g.add_vertex('world')
mapping['world'] = len(g.vs)-1
g.add_edge(mapping['hello'],mapping['world'])

我认为这应该有用,因为我从不删除顶点所以我猜索引应该保持不变。它还具有用于查找的平均速度O(1),其应该比先前的解决方案更好。 不过我想知道:

  • 我总是保证g.vs[i].index == i? (即我总是使用vs数组中顶点的位置来引用add_edge()等函数中的顶点?)
  • 我总是保证当我向图表中添加一个新的顶点时,它的索引将是len(g.vs)-1

编辑:关于边缘的相同问题:我保证我会在g.es[len(g.es)-1]中找到最后添加的边缘吗?

1 个答案:

答案 0 :(得分:6)

  

这也表明这种形式的索引具有O(n)复杂度而不是O(1)

事实并非如此; igraph维护从name顶点属性的名称到顶点ID(就像你提出的那个)的内部映射,每当你添加或删除顶点时,它都会自动更新。如果有多个具有相同名称的顶点,则映射会选择一个任意顶点,然后返回该一个顶点(一致地)以进行名称查找。在幕后,这一切都是用标准的Python字典完成的。因此,您可以安全地执行以下所有操作:

  • 每当igraph函数或方法需要顶点ID
  • 时,使用顶点名称而不是顶点ID
  • 使用g.vs.find("foo")查找name等于"foo"的任意顶点。

请注意,我们无法阻止用户创建多个具有相同名称的顶点,因为它在igraph可以读取的许多图形格式中有效(例如,GraphML),我们不希望阻止用户阅读它们。 / p>

  

我总是保证g.vs [i] .index == i?

是的,这保证是真的。但是,以下情况不是:

>>> v = g.vs[12]
>>> g.delete_vertices(...)
>>> g.vs[v.index] == v

原因是顶点和边缘对象非常“笨”,因为它们只存储对它们来源的图形的引用以及它们在图形中的索引 - 但是当图形本身更新时它们不会更新。经验法则是,一旦你改变底层图形,你持有引用的任何顶点或边缘对象都会变为“无效”。

  

我总是保证当我向图表中添加一个新的顶点时,它的索引将是len(g.vs)-1?

严格地说,这不是由API(作为正式的“合同”)保证的,但是从igraph的开发到目前为止一直是这种情况,我认为没有理由在未来的任何时候改变它。我也经常在我自己的代码中依赖它。这同样适用于边缘。