Question

我是MATLAB的新手，如果这个问题很简单，请耐心等待。

我最近遇到了函数seqneighborjoin。我正在努力找出它的伪代码解释，并找出函数调用返回值的数据结构到底是什么。

例如，z = seqneighborjoin(D, treemethod)。什么是z？我知道所有这些都可以通过检查函数seqneighborjoin本身来回答。但功能本身有点复杂。

我在这里发帖，只是想知道有没有其他方法可以获得明确的伪代码解释？我感谢你的时间和关注。

编辑：好的。这就是我今天所做的。这是代码。

names=arrayfun ( @num2str, 1:4, 'unif', 0);
d=[0,2,5,4,5,5];
z=seqneighjoin(d,'equivar',names);
get(z,'pointers')
squareform(pdist(z))

这就是我得到的：

ans =

     2     3
     1     5
     4     6


ans =

         0    3.0000    3.5000    5.0000
    3.0000         0    0.5000    5.0000
    3.5000    0.5000         0    5.5000
    5.0000    5.0000    5.5000         0

我理解第一个矩阵在那里做什么。令我惊讶的是，对于第二矩阵，即使节点1和2之间的距离为0，这里该矩阵的（1,2）对根本不为零。有谁理解为什么？我们有两个完全相同的物种（序列），如果稍后应用集群功能，它们是否有机会进入不同的集群？

Answer 1

seqneighjoin的文档页面提供了三个参考资料，详细解释了它使用的算法：

[1] Saitou，N。和Nei，M。（1987）。邻接法：一种重建系统发育树的新方法。分子生物学与进化4（4），406-425。

[2] Gascuel，O。（1997）。 BIONJ：基于简单的序列数据模型的NJ算法的改进版本。分子生物学与进化14 685-695。

[3] Studier，J.A.，Keppler，K.J。（1988）。关于Saitou和Nei的邻接算法的注记。分子生物学与进化5（6）729-731。

seqneighjoin的输出是phytree对象，其中包含有关树结构，叶子和分支的名称，距离等的所有信息。

如果您输入doc phytree，您会找到一个描述如何直接构建phytree对象的页面（而不是seqneighjoin）;在页面底部，您会找到一个链接phytree object，该链接提供phytree对象本身的文档，例如如何从中提取上述信息，如何查看，等等上。

Answer 2

NJ假设可加性（从i到j的距离应等于树中从i到j的路径的分支长度之和）。在您的情况下，d（a，b）= 0，但d（a，c）= 2不等于d（b，c）= 4。因此矩阵不是加法的，并且得到的树不准确。

澄清MATLAB中的seqneighjoin函数

2 个答案: