将PCA预处理参数传递给train（）

Question

我正在尝试使用PCA作为预处理在插入符号中构建预测模型。预处理如下：

preProc <- preProcess(IL_train[,-1], method="pca", thresh = 0.8)

是否可以将thresh参数直接传递给插入符号的train()函数？我尝试了以下内容，但它不起作用：

modelFit_pp <- train(IL_train$diagnosis ~ . , preProcess="pca",
                            thresh= 0.8, method="glm", data=IL_train)

如果没有，我如何将单独的preProc结果传递给train()函数？

Answer 1

根据文档，您可以使用trainControl

指定其他预处理参数

?trainControl

...
preProcOptions  

A list of options to pass to preProcess. The type of pre-processing 
(e.g. center, scaling etc) is passed in via the preProc option in train.
...

由于您的数据集不可重现，让我们看一个例子。我将使用Sonar中的mlbench数据集，并使用pls算法，只是为了好玩。

library(caret)
library(mlbench)

data(Sonar)

ctrl <- trainControl(preProcOptions = list(thresh = 0.95))

mod <- train(Class ~ ., 
             data = Sonar, 
              method = "pls",
              trControl = ctrl)

虽然文档不是最令人兴奋的阅读，但一定要确保尝试通过它。包装作者努力创建文档，并且可以在其中找到许多奇迹。