我已经生成了一个皮尔逊相似度矩阵，并使用pheatmap绘制了结果（使用hclust进行聚类，方法=＆＃34;完成＆＃34;）。我想输出有序矩阵，但在R中，默认似乎只是按字母顺序排列所有内容。
这是我的代码：
df <- cor(t(genes), method = "pearson")
pheatmap(df, clustering_method = "complete")
头（基因）
pre early mid late end
AAC1 2.0059007 3.64679740 3.0092533 2.4936171 2.2693034
AAC3 -1.6843969 -1.62572636 -0.7654462 -1.5827481 -1.6059080
AAD10 2.6012529 2.05759631 1.3665322 1.4590833 0.3778324
AAD14 0.5047704 0.76021375 0.1825944 0.6111774 0.1174208
AAD15 7.6017557 8.52315453 7.2605744 6.9029452 5.9028824
AAD16 1.2018193 -0.03285354 0.2229450 -0.1337033 0.2198542
这是当前输出（df）的样子：
A B C D
A 1 0.5 0.25 0.1
B 0.1 1 0.1 0.5
C 0.5 0.2 1 0.2
D 0 0.1 0.7 1
如何按hclust的顺序输出相似度矩阵？
我看过了，但我还没能找到任何可以完成我需要的东西。在此先感谢您的帮助！
（也很抱歉，我不知道如何正确格式化所有内容）
编辑：也许一些视觉效果会有所帮助。我的聚集pheatmap输出如下所示：ordered heatmap我可以看到表现相似的基因组，但因为有很多基因不可能/没用来阅读标签。我想找出哪些基因聚集在一起，但我无法输出有序矩阵。
当我绘制没有聚类的数据时，它看起来像这样：unclustered heatmap
因此，我可以获得的输出/数据对于进一步分析几乎没用。
