Question

我试图制作200个随机DNA序列，但我无法弄清楚如何制作200个DNA序列！这就是我到目前为止所拥有的：

from random import random

def randABCD(n, probA, probT, probC, probG):
    # where probA + probT + probC + probG == 1
    # n = number of characters in string
    # pX = probability of the character
    cA = probA
    cT = cA + probT
    cC = cT + probC
    def choose():
        r = random()
        if r < cA:
           return 'A'
        elif r < cT:
           return 'T'
        elif r < cC:
           return 'C'
        else:
           return 'G'
    return ''.join([choose() for i in xrange(n)])

Answer 1

此代码将利用您的函数，它将生成200个长度为10的序列。注意我添加了一行随机导入并将调用更改为随机到random.random。我也将xrange更改为range，因为我使用Python 3.x测试了代码。

如果您对输出有不同的想法，请告诉我

import random

def randABCD(n, probA, probT, probC, probG):
    # where probA + probT + probC + probG == 1
    # n = number of characters in string
    # pX = probability of the character
    cA = probA
    cT = cA + probT
    cC = cT + probC
    def choose():
        r = random.random()
        if r < cA:
            return 'A'
        elif r < cT:
            return 'T'
        elif r < cC:
           return 'C'
        else:
           return 'G'
return ''.join([choose() for i in range(n)])

print(randABCD(10, .25, .25, .25, .25))

print([randABCD(10, .25, .25, .25, .25) for i in range(200)])

输出

从第一次打印电话 AACCGTCTCT

来自第二次打印电话 ['CCAGTTCGGA'，'ACGGGAAAGT'，'CGTGGTAAGT'，'AACGATTGAG'，'GAGGATATGC'，'AGTGCCTTGT'，'TGACTTGCAC'，'GAAGGAGGCA'，'TCCGGTAGTT'，'TCTGCCGTCG'，'TACATAAGTC'，'GCTGGTTAAC'，' CACCCAGGCC'，'CAAGAGCCAA'，'GCTATTCGAT'，'GTGCTCATCT'，'AAAGCAATAC'，'GTATGGAAAC'，'GTATTGGTAA'，'TGTAATCTTA'，'TCGAATACAT'，'TCCTCAATGG'，'TGTAACGGCA'，'TAGTCACTGT'，'CAAAGCTCAT' ，'GTTGAAAGTC'，'CTATCATGAG'，'CAAGCACTAT'，'CTGGGCTGCC'，'CATGTCCAGG'，'ACGTGTGATC'，'AATATGCAAC'，'ACTGATGGAT'，'TATCGCGCGA'，'GTAGACCCAA'，'CAGGATGCAT'，'TACGGCAGAG'，' TATTTTATCA'，'GGTAATCACA'，'TAAACGTATG'，'CTTCCACGCG'，'GGCTCCAAAA'，'CAAGAATAAC'，'TCACGGTCTT'，'AGCGCGTCGA'，'TCACTATCAT'，'TCTGATGTCA'，'AGAAGGTCGT'，'TTAGCGTCTC'，'TGAGATGCGA' ，'ATACCCATGC'，'ACCGCTCGAG'，'CCATCAGGCC'，'AACCTTCCCG'，'TCACTCGGGT'，'CGAGACCGGA'，'GCAAGATGAT'，'TGCAATGAGG'，'CCAGATTGGT'，'GGCGATGACA'，'TAGTATGGTT'，'GCAGGTCTCG'，' GGTTTTAACC'，'ACAACCAACT'，'CTGTTCAGTT'，'TTGGAGAGTA'，'AGTCGATCTG'，'TAATGGCAGG'，'CGTCCTTTAA'，'GCGCAACTTC'，'CGGTAGAATG'，'TCTA GCTTGC'，'GCGAAAGCGC'，'GACCCCCGGC'，'GCAATAGTCT'，'ATTGACTCCT'，'ACTAACGCTT'，'TCATAGAAGC'，'GTAGCTGCGT'，'ACAATCTCCT'，'TCGACTCTCT'，'GGCAACAGCA'，'TATTGTAGAC'，'GAGGTCAACG' ，'ATGCCAGGGA'，'CTCTCTTTCT'，'CTGCGTGATA'，'GCAAGAATAC'，'AATGCATGAC'，'AGTTCAGGCA'，'GAGATTCCCC'，'CCGCCGACCA'，'ACGACGTGCA'，'TGAACGCCAA'，'GTCGGCTATT'，'TGCTTATCAA'，' AGGAGGCACG'，'TCTACTGCGA'，'GCCTTGACAT'，'GCCTCTCCCC'，'ACACCGACTG'，'ATTTAATCAT'，'GTGCAACGTC'，'GTGTGGCTAA'，'TGGCGATTAA'，'GTATGTCTCC'，'ACTTATGGGC'，'GCTACGTTTT'，'ATCCTCACGT' ，'GCCGGCTACA'，'CCCGTGAAGA'，'CATGACCACT'，'GAACCTGATG'，'ACGAGTGTCA'，'ATGTTGGTTT'，'CTTGGAATGA'，'CTTTCCTCAC'，'GATGCTCTTT'，'TAATTCTAAT'，'TCTGGCAAAG'，'CCAGGCCGCG'，' TCATCGCACA'，'CAGCAAGATT'，'GCTTAGGAGG'，'ATATTGTGCG'，'AATATGACGG'，'TCTAGTCCCT'，'GTAAACCGGA'，'TTTAGCGTAC'，'CGAATAGAAC'，'TTAGAATCGG'，'CGCGCGCCTC'，'AATGTTAAGG'，'ACTCGACGCA' ，'GGTTGCTTAC'，'TCTGGTGCTC'，'TAATTAGGTA'，'GCCTTAGAAG'，'GTTTATACGC'，'AGCGTCCATA'，'GTATTGTCGA'，'CACCTCAGAA'，'CCCACCTCCG '，'AGACGCTAGA'，'CAAAGCCAGA'，'TCAAATTCAT'，'GGCCATTTGT'，'CAACATGGTA'，'CAAGTGTAAG'，'CGCCGTAACC'，'GGGCGGTAAT'，'GTCCAACCAC'，'CGAAGCGCAG'，'GGCGTCGGAG'，'CTTGTCGCGG'， 'GCCCTTCTGC'，'TGCAGCCAAC'，'TGATTTGTTC'，'TGAATTCAGT'，'TAGTCCTGCT'，'GCCCTATGGG'，'CCAGGCTGTT'，'TCCTCAAAAC'，'CTACGGGCAT'，'GCCAACCGAG'，'CAATGGAACT'，'CCTTATCCTC'，'TAAAAGGCTA '，'CGCGTGACAC'，'TGGCGAGCGT'，'CCCCGAGCAT'，'CAGCATTCAA'，'TGTACTGTCC'，'TCCTTGGTTA'，'TCAAAGATGT'，'CGCATACTCA'，'GAATCTATTT'，'ATCATAAGGT'，'ACGCTCTCGC'，'GTCCTCTTAA'， 'ATCCGAACCT'，'TGGACTTCCG'，'TCAGATGATA'，'ACTTCATGCG'，'TCCTATACAA'，'ATGGTCTTTA'，'CTAATTCGGT'，'TGCACCACAT'，'GTGACCGTCT'，'ACGTCAGTCA'，'TCTTCCACCT'，'CCGAATACGC'，'ACTATGTCGT '，'TACTATTCCC'，'GGGGGACGCA'，'TGCAGGTTCT'，'GGCTCTGGGG'，'TGGAGCGCTC'，'CGAGATCTTA'，'GGCTTGGCAT']

如何在python中创建多个随机序列？

1 个答案: