如何使用twobitreader包将hg19.bit文件转换为hg19.fa文件?

时间:2015-04-03 02:32:04

标签: python-2.7

我已经下载了hg19.2bit文件,我将它保存在D盘中。我在windows上的python软件中导入了twobitreader包。现在任何人都帮助我如何在python代码中使用该包,以便它将hg19.2bit转换为hg19.fa文件。

我尝试的示例代码是

import twobitreader
def get_a(n):
    genome = twobitreader.TwoBitFile('hg19.2bit')
    bedfile = open(n+'.bed', 'r')
    o_f = open(n+'_FASTA.fa', 'w')
    twobitreader.twobit_reader(genome, bedfile,o_f.write)
    bedfile.close()
    o_f.close()

我从网上获取了上述文件。我已将上述文件保存在名称sample.py中。当我执行程序时,没有打印任何内容,也没有生成fasta文件。 任何人都可以帮我完整的代码或如何编写转换代码。

0 个答案:

没有答案