我已经下载了hg19.2bit文件,我将它保存在D盘中。我在windows上的python软件中导入了twobitreader包。现在任何人都帮助我如何在python代码中使用该包,以便它将hg19.2bit转换为hg19.fa文件。
我尝试的示例代码是
import twobitreader
def get_a(n):
genome = twobitreader.TwoBitFile('hg19.2bit')
bedfile = open(n+'.bed', 'r')
o_f = open(n+'_FASTA.fa', 'w')
twobitreader.twobit_reader(genome, bedfile,o_f.write)
bedfile.close()
o_f.close()
我从网上获取了上述文件。我已将上述文件保存在名称sample.py中。当我执行程序时,没有打印任何内容,也没有生成fasta文件。 任何人都可以帮我完整的代码或如何编写转换代码。