在python中，如何使用Bio.Phylo.draw（）生成系统发育树时更改叶节点的字体大小？

Question

我正在使用Biopython的Phylo软件包来创建系统发育树。

对于大树，我需要减少叶节点的字体大小。有人建议更改matplotlib.pyplot.rcParams [＆＃39; font.size＆＃39;]但这只允许我更改轴名称和标题，因为Phylo定义了自己的字体大小。 我无法更改Phylo源代码，因为我在大学使用它。 定义数字或轴不是一个选项，因为Phylo.draw（）创建了自己的。

有没有人对如何解决问题有任何建议，可能会拉伸y轴？

到目前为止，我使用以下代码生成树：

import matplotlib
import matplotlib.pyplot as plt
from Bio import Phylo
from cStringIO import StringIO

def plot_tree(treedata, output_file):

    handle = StringIO(treedata) # parse the newick string
    tree = Phylo.read(handle, "newick")
    matplotlib.rc('font', size=6)
    Phylo.draw(tree)
    plt.savefig(output_file)

    return

Answer 1

Phylo.draw（）可以将轴作为参数。 从Biopython中的方法文档中，您可以阅读以下内容

  

轴：matplotlib / pylab轴   如果是有效的matplotlib.axes.Axes实例，则在该Axes中绘制该phylogram。默认情况下（无），将创建一个新图。

这意味着您可以根据自己的尺寸加载自己的轴。例如

import matplotlib
import matplotlib.pyplot as plt
from Bio import Phylo
from cStringIO import StringIO

def plot_tree(treedata, output_file):
    handle = StringIO(treedata)  # parse the newick string
    tree = Phylo.read(handle, "newick")
    matplotlib.rc('font', size=6)
    # set the size of the figure
    fig = plt.figure(figsize=(10, 20), dpi=100)
    # alternatively
    # fig.set_size_inches(10, 20)
    axes = fig.add_subplot(1, 1, 1)
    Phylo.draw(tree, axes=axes)
    plt.savefig(output_file, dpi=100)

    return

如果这对您有用，请告诉我。法比奥