我有一个令人困惑的问题,试图在ggplot中使用facet_wrap,包括我的真实数据集和简化的虚拟数据集。我试图在多个个体的基因组中绘制杂合性,每个染色体单独显示。
我的虚拟数据:
chr1 123000 124000 2 0.00002 26 0.00026 indiv1
chr1 124000 125000 3 0.00003 12 0.00012 indiv1
chr1 125000 126000 1 0.00001 6 0.00006 indiv1
chr1 126000 126000 2 0.00002 14 0.00014 indiv1
chr2 123000 124000 6 0.00006 20 0.00020 indiv1
chr2 124000 125000 0 0.00000 12 0.00012 indiv1
chr1 123000 124000 2 0.00002 26 0.00026 indiv2
chr1 124000 125000 3 0.00003 12 0.00012 indiv2
chr1 125000 126000 1 0.00001 6 0.00006 indiv2
chr1 126000 126000 2 0.00002 14 0.00014 indiv2
chr2 123000 124000 6 0.00006 20 0.00020 indiv2
chr2 124000 125000 0 0.00000 12 0.00012 indiv2
我要读取数据的代码:
hetshoms <- read.table("fakedata.txt", header=F)
chrom <- hetshoms$V1
start.pos <- hetshoms$V2
end.pos <- hetshoms$V3
hets <- hetshoms$V4
het_stat <- hetshoms$V5
homs <- hetshoms$V6
hom_stat <- hetshoms$V7
indiv <- hetshoms$V8
HetRatio <- hets/(hets+homs)
当我尝试在qplot中单独绘制染色体时,它可以正常工作:
testplot <- qplot(start.pos, HetRatio, facets = chrom ~ ., colour=chrom)
但是当我在ggplot中尝试类似的东西时,它不起作用。 第一部分工作正常:
testplot <- ggplot(hetshoms, aes(x=start.pos, y=HetRatio)) + geom_point(aes(color=chrom))
但是当我尝试添加facet_wrap时:
testplot + facet_wrap(~chrom)
这会产生以下错误
“错误en layout_base(data,vars,drop = drop):至少一层 必须包含用于分面“
的所有变量
我尝试在facet_wrap()中添加一个(as.formula(paste))并直接调用hetshoms $ V1,但都没有解决问题。
我很感激有关如何更正我的代码的任何建议。
答案 0 :(得分:0)
要复制qplot
输出,我们需要facet_grid(chrom~.)
#data
hetshoms <- read.table(text="
chr1 123000 124000 2 0.00002 26 0.00026 indiv1
chr1 124000 125000 3 0.00003 12 0.00012 indiv1
chr1 125000 126000 1 0.00001 6 0.00006 indiv1
chr1 126000 126000 2 0.00002 14 0.00014 indiv1
chr2 123000 124000 6 0.00006 20 0.00020 indiv1
chr2 124000 125000 0 0.00000 12 0.00012 indiv1
chr1 123000 124000 2 0.00002 26 0.00026 indiv2
chr1 124000 125000 3 0.00003 12 0.00012 indiv2
chr1 125000 126000 1 0.00001 6 0.00006 indiv2
chr1 126000 126000 2 0.00002 14 0.00014 indiv2
chr2 123000 124000 6 0.00006 20 0.00020 indiv2
chr2 124000 125000 0 0.00000 12 0.00012 indiv2
",header=FALSE)
#calculate HetRatio
colnames(hetshoms) <- c("chrom","start.pos","end.pos","hets","hets_stat","homs","homs_stat","indiv")
hetshoms$HetRatio <- hetshoms$hets/(hetshoms$hets+hetshoms$homs)
#plot
ggplot(hetshoms, aes(x=start.pos, y=HetRatio)) +
geom_point(aes(color=chrom)) +
facet_grid(chrom~.)