Question

我有一个令人困惑的问题，试图在ggplot中使用facet_wrap，包括我的真实数据集和简化的虚拟数据集。我试图在多个个体的基因组中绘制杂合性，每个染色体单独显示。

我的虚拟数据：

chr1    123000    124000    2    0.00002    26    0.00026    indiv1
chr1    124000    125000    3    0.00003    12    0.00012    indiv1
chr1    125000    126000    1    0.00001    6    0.00006    indiv1
chr1    126000    126000    2    0.00002    14    0.00014    indiv1
chr2    123000    124000    6    0.00006    20    0.00020    indiv1
chr2    124000    125000    0    0.00000    12    0.00012    indiv1
chr1    123000    124000    2    0.00002    26    0.00026    indiv2
chr1    124000    125000    3    0.00003    12    0.00012    indiv2
chr1    125000    126000    1    0.00001    6    0.00006    indiv2
chr1    126000    126000    2    0.00002    14    0.00014    indiv2
chr2    123000    124000    6    0.00006    20    0.00020    indiv2
chr2    124000    125000    0    0.00000    12    0.00012    indiv2

我要读取数据的代码：

    hetshoms <- read.table("fakedata.txt", header=F)
    chrom <- hetshoms$V1
    start.pos <- hetshoms$V2
    end.pos <- hetshoms$V3
    hets <- hetshoms$V4
    het_stat <- hetshoms$V5
    homs <- hetshoms$V6
    hom_stat <- hetshoms$V7
    indiv <- hetshoms$V8
    HetRatio <- hets/(hets+homs)

当我尝试在qplot中单独绘制染色体时，它可以正常工作：

testplot <- qplot(start.pos, HetRatio, facets = chrom ~ ., colour=chrom)

但是当我在ggplot中尝试类似的东西时，它不起作用。第一部分工作正常：

testplot <- ggplot(hetshoms, aes(x=start.pos, y=HetRatio)) + geom_point(aes(color=chrom))

但是当我尝试添加facet_wrap时：

testplot + facet_wrap(~chrom)

这会产生以下错误

“错误en layout_base（data，vars，drop = drop）：至少一层必须包含用于分面“
的所有变量

我尝试在facet_wrap（）中添加一个（as.formula（paste））并直接调用hetshoms $ V1，但都没有解决问题。

我很感激有关如何更正我的代码的任何建议。

Answer 1

要复制qplot输出，我们需要facet_grid(chrom~.)

#data
hetshoms <- read.table(text="
                       chr1    123000    124000    2    0.00002    26    0.00026    indiv1
chr1    124000    125000    3    0.00003    12    0.00012    indiv1
                       chr1    125000    126000    1    0.00001    6    0.00006    indiv1
                       chr1    126000    126000    2    0.00002    14    0.00014    indiv1
                       chr2    123000    124000    6    0.00006    20    0.00020    indiv1
                       chr2    124000    125000    0    0.00000    12    0.00012    indiv1
                       chr1    123000    124000    2    0.00002    26    0.00026    indiv2
                       chr1    124000    125000    3    0.00003    12    0.00012    indiv2
                       chr1    125000    126000    1    0.00001    6    0.00006    indiv2
                       chr1    126000    126000    2    0.00002    14    0.00014    indiv2
                       chr2    123000    124000    6    0.00006    20    0.00020    indiv2
                       chr2    124000    125000    0    0.00000    12    0.00012    indiv2
                       ",header=FALSE)
#calculate HetRatio
colnames(hetshoms) <- c("chrom","start.pos","end.pos","hets","hets_stat","homs","homs_stat","indiv")
hetshoms$HetRatio <- hetshoms$hets/(hetshoms$hets+hetshoms$homs)

#plot
ggplot(hetshoms, aes(x=start.pos, y=HetRatio)) + 
  geom_point(aes(color=chrom)) +
  facet_grid(chrom~.)

enter image description here

facet在qplot中工作但facet_wrap在ggplot中产生错误

1 个答案: