Question

我正在使用@jbaums找到的trees here包，并解释了in this post。

我的数据如下：

树由主干

    Trunk
[1] 13.60415

和分支

Tree
   TreeBranchLength TreeBranchID
1         10.004269            1
2          7.994269            2
3          9.028834           11
4         10.817401           12
5          8.551311          111
6         10.599798          112
7         11.073243          121
8         13.367392          122
9          9.625431         1111
10        10.793569         1112
11         9.896499        11121
12         8.687741        11122
13         7.791180         1211
14        12.506105         1212
15         6.768478         1221
16        10.441796         1222
17        10.751892         1121
18         9.458651         1122
19        10.768509        11221
20        10.150673        11222
21        12.377448       111211
22        12.235136       111212
23         9.074079        11211
24         9.996334        11212
25         9.807019       112221
26        10.895809       112222
27         6.741274      1122211
28        15.841272      1122212
29         5.753920     11222111
30         8.846389     11222112
31        11.925961       112111
32         9.780776       112112
33         8.207965        12221
34        10.079375        12222

50只<松鼠种群 -

Populations
   PopulationPositionOnBranch PopulationBranchID ID
1                  10.6321655             112111  1
2                   1.0644897                  1  2
3                   3.9315473                  1  3
4                   1.0310244                  0  4
5                   9.1768846                  0  5
6                  13.4267181                  0  6
7                   7.9461528                  0  7
8                   6.0533401                121  8
9                   2.1227425                121  9
10                  1.8256787                121 10
11                  4.7332588           11222112 11
12                  4.4837432           11222112 12
13                  4.6200834           11222112 13
14                  2.5622276               1221 14
15                  1.2446683               1221 15
16                  7.0674052                111 16
17                  1.3854674                111 17
18                  4.8735635                111 18
19                  9.5007998               1222 19
20                  6.6373468               1222 20
21                 12.6757728                122 21
22                  4.2685465                122 22
23                  3.9806540                  2 23
24                  3.1025403                  2 24
25                  3.9119065              11122 25
26                  1.5527653              11122 26
27                  1.6687957              11122 27
28                  8.0697456               1122 28
29                  6.7871391               1122 29
30                  9.8050713             111212 30
31                  8.5226920             111212 31
32                  3.6113379             111212 32
33                  7.3184965             111211 33
34                  8.6142984             111211 34
35                  1.3550870               1211 35
36                  8.3650639                 12 36
37                  4.6411446             112112 37
38                  3.2985541             112112 38
39                 12.2344148               1212 39
40                  9.0290776               1212 40
41                  1.3900249               1121 41
42                  0.9261425            1122212 42
43                 15.2522199            1122212 43
44                  4.0253771              12222 44
45                  8.7507678              11222 45
46                  4.6289841            1122211 46
47                  9.1799522                112 47
48                  5.1293838              12221 48
49                  1.1543080              12221 49
50                 10.1014837             112222 50

生成情节的代码

        g <- germinate(list(trunk.height=Trunk, 
                   branches=Tree$TreeBranchID,
                   lengths=Tree$TreeBranchLength), 
              left='1', right='2', angle=30))

    xy <- squirrels(g, Populations$PopulationBranchID, pos=Populations$PopulationPositionOnBranch, 
               left='1', right='2', pch=21, bg='white', cex=3, lwd=2)
    text(xy$x, xy$y, labels=seq_len(nrow(xy)), font=1)

，产生

The tree produced

正如您在图中所见，人口43 （蓝色箭头）在树外。似乎图上分支的长度与数据不对应。例如，群体38和37上的分支（左绿色箭头）比群体43所在的分支（右绿色箭头）长，这在数据中不是这种情况。 enter image description here 我做错了什么？我是否正确理解了如何使用trees？

Answer 1

在研究萌发函数时，在我看来，传递给它的Tree值需要按升序排序在TreeBranchId字段上。

您放置43的BranchID：1122212不是实际的1122212分支。由于您在树中输入值的顺序，该函数以某种方式弄乱了分支的位置。

我很想知道我是否增加了分支ID的长度：1122212，它会改变放置43的分支，猜猜是什么？它没有。实际上显示长度增加的分支是您放置37和38的分支。

所以这个暗示指出发芽功能出了问题。在进一步调试时，我能够使用以下代码使其工作。

Tree<-read.csv("treeBranch.csv")
Tree<-Tree[order(Tree$TreeBranchID),] 
g <- germinate(list(trunk.height=15, 
                branches=Tree$TreeBranchID,
                lengths=Tree$TreeBranchLength), 
               left='1', right='2', angle=30)

xy <- squirrels(g, Populations$PopulationBranchID,pos=Populations$PopulationPositionOnBranch, 
            left='1', right='2', pch=21, bg='white', cex=3, lwd=2)
text(xy$x, xy$y, labels=seq_len(nrow(xy)), font=1)

使用树木包装用一些松鼠绘制树时出错

1 个答案: