热图与分类变量和R中的系统发育树

Question

：）

我有一个问题，并没有通过个人搜索找到任何答案。 我想制作一个带有分类变量的热图（有点像这个：heatmap-like plot, but for categorical variables），我想在左侧添加一个系统发育树（就像这个：how to create a heatmap with a fixed external hierarchical cluster）。理想的是适应第二个，因为它看起来更漂亮！ ;）

这是我的数据：

• 一个新的格式化的系统发育树，有3种，让我们说：

  ((1,2),3);
  

• 数据框：

  x<-c("species 1","species 2","species 3")
  y<-c("A","A","C")
  z<-c("A","B","A")
  df<- data.frame(x,y,z)
  

（A，B和C是分类变量，例如在我的情况下存在/不存在/重复基因）。

你知道怎么做吗？

非常感谢提前！

---

编辑：我希望能够选择热图中每个类别的颜色，而不是经典渐变。假设A =绿色，B =黄色，C =红色

Answer 1

我实际上是自己想出来的。对于那些感兴趣的人，这是我的脚本：

#load packages
library("ape")
library(gplots)

#retrieve tree in newick format with three species
mytree <- read.tree("sometreewith3species.tre")
mytree_brlen <- compute.brlen(mytree, method="Grafen") #so that branches have all same length


#turn the phylo tree to a dendrogram object
hc <- as.hclust(mytree_brlen) #Compulsory step as as.dendrogram doesn't have a     method for phylo objects.
dend <- as.dendrogram(hc)
plot(dend, horiz=TRUE) #check dendrogram face

#create a matrix with values of each category for each species
a<-mytree_brlen$tip
b<-c("gene1","gene2")
list<-list(a,b)
values<-c(1,2,1,1,3,2)  #some values for the categories (1=A, 2=B, 3=C)
mat <- matrix(values,nrow=3, dimnames=list) #Some random data to plot

#plot the hetmap
heatmap.2(mat, Rowv=dend, Colv=NA, dendrogram='row',col =
        colorRampPalette(c("red","green","yellow"))(3), 
          sepwidth=c(0.01,0.02),sepcolor="black",colsep=1:ncol(mat),rowsep=1:nrow(mat),
      key=FALSE,trace="none",
      cexRow=2,cexCol=2,srtCol=45,
      margins=c(10,10),
      main="Gene presence, absence and duplication in three species")


#legend of heatmap
par(lend=2)           # square line ends for the color legend
legend("topright",      # location of the legend on the heatmap plot
   legend = c("gene absence", "1 copy of the gene", "2 copies"), # category  labels
   col = c("red", "green", "yellow"),  # color key
   lty= 1,             # line style
   lwd = 15            # line width
)

这是结果图:)

Answer 2

我正在尝试使用相同的语法和R包ape，gplots和RColorsBrewer来制作热图，其列树形图基本上是物种树。

但我无法继续阅读我的tre文件。尝试在读入的树文件上执行以下任何操作时会出现各种错误： a）情节，或 b）compute.brlen，和 c）在崩溃之后的情节。在物种树拓扑方面看起来完全被破坏了

我怀疑我的tre输入有问题，但不确定是什么。你会碰巧明白什么是错的，我怎么能解决它？谢谢！

<（>（（（（（（（（（Mt3.5v5，Mt4.0v1），Car），（（（Pvu186，Pvu218），（Gma109，Gma189）），Cca））），（（ （Ppe139，Mdo196），Fve226），Csa122）），（（（（（（（（Ath167，Aly107），Cru183），（Bra197，Tha173）），Cpa113），（Gra221，Tca233）），（Csi154，（ Ccl165，Ccl182））），（（Mes147，Rco119），（Lus200，（Ptr156，Ptr210）））），Egr201）），Vvi145），（（Stu206，Sly225），Mgu140）），Aco195），（（（ Sbi79，Zma181），（Sit164，Pvi202）），（Osa193，Bdi192）），（Smo91），Ppa152），（（（Cre169，Vca199），Csu227），（（Mpu228，Mpu229），Olu231）））; < / p>