Question

我尝试在Redhat 6.4上从https://pypi.python.org/pypi/CGAT/0.2.3安装CGAT。

我尝试使用＆pap install cgat＆＃39;安装它。我得到了：

 Version detected: 0.6
    Traceback (most recent call last):
      File "<string>", line 17, in <module>
      File "/tmp/pip_build_root/CGAT/setup.py", line 55, in <module>
        "the CGAT code collection requires setuptools 1.1 higher")
    ImportError: the CGAT code collection requires setuptools 1.1 higher
    Complete output from command python setup.py egg_info:
    Version detected: 0.6

我跑的时候：

pip show setuptools

我明白了：

---
Name: setuptools
Version: 14.0
Location: /path/python2.7/site-packages/setuptools-14.0-py2.7.egg
Requires:

为什么python无法看到正确版本的setuptools？

我还试图安装CGAT：

./install-CGAT-tools.sh --cgat-scripts --lite --location /path

当我试图跑步时，例如： cgat bam2bam --version

我明白了：

Traceback (most recent call last):
  File "/path/envs/cgat-scripts-lite/bin/cgat", line 6, in <module>
    sys.exit(main())
  File "/path/envs/cgat-scripts-lite/lib/python2.7/site-packages/CGATScripts/cgat.py", line 126, in main
    module = imp.load_module(command, file, pathname, description)
  File "/path/envs/cgat-scripts-lite/lib/python2.7/site-packages/CGATScripts/bam2bam.py", line 143, in <module>
    import CGAT._bam2bam as _bam2bam
  File "calignmentfile.pxd", line 74, in init CGAT._bam2bam (scripts/_bam2bam.c:4385)
ValueError: pysam.calignmentfile.AlignmentFile has the wrong size, try recompiling

我试图再次重新安装pysam但没有成功。

我做错了什么？

感谢。

Answer 1

我从cgat小组得到了答案：https://groups.google.com/forum/#!topic/cgat-user-group/2qErNah5vrg

对于第一个问题，我没有设法修复它。但是对于第二个我降级pysam == 0.8.1并且它解决了问题。

CGAT - 安装 - setuptools版本

1 个答案: