Question

在R中，我使用包＆＃34; doParallel＆＃34;和＆＃34; foreach＆＃34;并行计算。最近，我在HPC运行该程序。它有四个节点，每个节点有16个处理器。我的R程序只需要4个处理器。但HPC总是将程序分配给占用所有16个处理器的一个节点。所以我不能在那个节点中运行任何其他程序。 如何在一个节点中选择自定义数量的处理器？如何在一个节点中选择未运行程序的处理器？ 我用

library(foreach)
library(doParallel)
library(MASS)
registerDoParallel(makeCluster(4))

我只需要使用4个处理器。但是hpc总是将一个程序分配给一个节点中的所有处理器（实际上程序在4个处理器中运行）。例如，一个节点有16个处理器。我有四个程序，每个程序需要四个核心。如何将四个程序放在一个节点中？

Answer 1

parallel::detectCores()应该为您提供核心数量。

我通常使用的习语是parallel::detectCores()和

的混音

library(parallel)
library(doParallel)


num_cores <- detectCores()
cl <- makeCluster(num_cores)
registerDoParallel(cl)

# parallel code here

# stop cores/cluster
stopCluster(cl)
registerDoSEQ()

R中的并行计算：如何选择核心

1 个答案: