我无法在glmer中获得lsmeans输出

Question

列表。

我有一个使用lmer.test包并调用glmer的通用混合模型。我可以得到一个好的模型，但是我无法获得LSMEANS和Diff的输出。

这就是我所拥有的

library(plyr)
library(lubridate)
library(chron)
library(reshape)
library(lattice)
library(car)
library(lmerTest)


fm17<-glmer(I(Steps+1)~Treatment + treatdate +Weight + BF+ (1|Block) +(0+treatdate|exp.unit), family=poisson)
summary(fm17,ddf="Kenward-Roger")
qqnorm(resid(fm17),main="QQ Model 17")
plot(fm17,main="Residual Model 17")
anova(fm17, ddf="Kenward-Roger")
lsmeans(fm17)
difflsmeans(fm17)

一直运行良好，直到LSMEANS声明

这是输出     摘要（fm17，DDF = “Kenward-罗杰”）     qqnorm（resid（fm17），main =“QQ Model 17”）     情节（fm17，main =“剩余模型17”）     anova（fm17，ddf =“Kenward-Roger”） 以上所有工作都很好

  

LSMEANS（fm17）   lsmeans中的错误（fm17）：模型不是线性混合效应模型   difflsmeans（fm17）   difflsmeans中的错误（fm17）：模型不是线性混合效应模型

如何获得有关如何获得该输出的任何帮助将非常感激。

Answer 1

lsmeans 包支持glmerMod个对象，但它不支持这些模型的Kenward-Rogers df（这些依赖的 pbkrtest 包也不支持上）。你想要什么因素？您需要在通话中为其命名。做这样的事情

detach(lmerTest)
library(lsmeans)
lsmeans(fm17, "Treatment")
pairs(.Last.value)

df在结果中显示为NA，表示使用了渐近结果（$ z $ tests和CI）。

Answer 2

lmerTest仅支持线性混合效果模型（lmer对象）。您使用的anova方法实际上来自lme4包，这就是您没有收到错误的原因 - 模型fm17属于glmerMod类。在lmerTest中，只重新指定了lmer对象的anova。您使用的lsmeans和difflsmeans函数来自lmerTest包，因此会给出一个错误，指出您的模型不是lmer对象。