Question

我正在以浆液提交玩具阵列工作。我的命令行是

$ sbatch -p development -t 0:30:0 -n 1 -a 1-2 j1

其中j1是脚本：

#!/bin/bash
echo job id is $SLURM_JOB_ID
echo array job id is $SLURM_ARRAY_JOB_ID
echo task id id $SLURM_ARRAY_TASK_ID

当我提交此内容时，我收到错误：

--> Verifying valid submit host (login1)...OK
--> Verifying valid jobname...OK
--> Enforcing max jobs per user...OK
--> Verifying availability of your home dir (/home1/03400/myname)...OK
--> Verifying availability of your work dir (/work/03400/myname)...OK
--> Verifying availability of your scratch dir (/scratch/03400/myname)...OK
--> Verifying valid ssh keys...OK
--> Verifying access to desired queue (development)...OK
--> Verifying job request is within current queue limits...OK
--> Checking available allocation (PRJ-1234)...OK
sbatch: error: Batch job submission failed: Invalid job array specification

如果没有数组规范，相同的工作就可以正常工作：

$ sbatch -p development -t 0:30:0 -n 1 j1

Answer 1

这篇文章有些陈旧，但万一发生在其他人身上，我也有同样的问题，但是被接受的答案并不能说明我的问题是什么。

如果数组大小太大，也会引发此错误（ sbatch：错误：批处理作业提交失败：无效的作业数组规范）。

来自https://slurm.schedmd.com/slurm.conf.html

MaxArraySize

最大作业阵列大小。最大作业数组任务索引值将比MaxArraySize小1，以允许索引值为零。将MaxArraySize配置为0，以禁用作业阵列使用。该值不能超过4000001。MaxJobCount的值应比MaxArraySize大得多。默认值为1001。

要检查该值，所有slurm用户都应可以访问slurm.conf文件（仍然根据1），并且可以在/etc/slurm.conf附近找到它（请参见https://slurm.schedmd.com/slurm.conf.html#lbAM，就我而言，我在路径/etc/slurm/slurm.conf中找到了它。

Answer 2

数组规范的语法是正确的。但你粘贴的打印输出不是标准的Slurm，我猜你正在研究Stampede;他们有自己的sbatch包装。

您可以使用-vvv选项sbatch来查看Slurm看到的确切内容：

$ sbatch -vvv -p development -t 0:30:0 -n 1 -a 1-2 j1 |& grep array

这应该返回

sbatch: array             : 1-2

如果没有，则意味着信息在某处丢失了。

您可以尝试从提交命令行中删除数组规范并将其插入提交脚本中，如下所示：

$ sbatch -p development -t 0:30:0 -n 1 j1

j1是

#!/bin/bash
#SBATCH -a 1-2
echo job id is $SLURM_JOB_ID
echo array job id is $SLURM_ARRAY_JOB_ID
echo task id id $SLURM_ARRAY_TASK_ID

下一步是联系系统管理员，获取运行上述测试所需的信息并寻求帮助。

slurm中的作业数组规范无效

2 个答案: