使用Bash手动编辑文本或Fastq文件

Question

我想使用Bash手动编辑Fastq文件到多个相似的行。

在Fastq文件中，序列读取从第2行开始，然后每隔四行找到一次（即第2,6,10,14行......）。

我想创建一个与Fastq文件相同的编辑文本文件，除了排序测序读数的前6个字符。

未编辑的Fastq：

@M03017:21:000000000
GAGAGATCTCTCTCTCTCTCT
+
111>>B1FDFFF

编辑Fastq：

@M03017:21:000000000
TCTCTCTCTCTCTCT
+
111>>B1FDFFF

Answer 1

我猜awk非常适合：

$ awk 'NR%4==2 {gsub(/^.{6}/,"")} 1' file
@M03017:21:000000000
TCTCTCTCTCTCTCT
+
111>>B1FDFFF

这将删除4k + 2位置中所有行中的前6个字符。

解释

• NR%4==2 {}如果记录的数量（行数）是4k + 2表格，则做事。
• gsub(/^.{6}/,"")用空字符串替换6个第一个字符。
• 1评估为True，打印该行。

Answer 2

GNU sed可以做到这一点：

sed -i~ '2~4s/^.\{6\}//' file

地址2~4表示＆＃34;从第2行开始，重复每4行＆＃34;。

s表示替换，^匹配行开头，.匹配任何字符，\{6\}指定长度（＆＃34;量词＆＃34;）。替换字符串为空（//）。

-i~替换了该文件，留下了~附加到文件名的备份。