python3,如何处理TSV文件中的矩阵

时间:2015-02-15 09:42:21

标签: python matrix tsv

我的源数据在TSV文件中,它是一个20X20矩阵(ehttp://www.bio.davidson.edu/genomics/2008/Simpson/BLOSUM62.png

这是我想要完成的事情:

我需要读取此源文件中的矩阵,然后我必须创建一个函数(称为距离)来计算两个索引之间的交集。例如,如果我有[A] [D],则该函数返回这两个字母之间的交集值。这是我试过的代码:

Blosum62 = open('BLOSUM62.tsv','r')
print(Blosum62)

def distance(x,y):
    a = Blosum62.index(x)
    b = Blosum62.index(y)
    dist = Blosum62Matrix[a][b]

    return dist

但它不起作用,我认为在我打开/打印文件的方式和功能方面存在问题...感谢您的帮助!

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