我的源数据在TSV文件中,它是一个20X20矩阵(ehttp://www.bio.davidson.edu/genomics/2008/Simpson/BLOSUM62.png)
这是我想要完成的事情:
我需要读取此源文件中的矩阵,然后我必须创建一个函数(称为距离)来计算两个索引之间的交集。例如,如果我有[A] [D],则该函数返回这两个字母之间的交集值。这是我试过的代码:
Blosum62 = open('BLOSUM62.tsv','r')
print(Blosum62)
def distance(x,y):
a = Blosum62.index(x)
b = Blosum62.index(y)
dist = Blosum62Matrix[a][b]
return dist
但它不起作用,我认为在我打开/打印文件的方式和功能方面存在问题...感谢您的帮助!