如何导入.tsv文件

Question

我需要读一个R中的.tsv文件的表。

test <- read.table(file='drug_info.tsv')
# Error in scan(file, what, nmax, sep, dec, quote, skip, nlines, na.strings,  : 
#   line 1 did not have 10 elements
test <- read.table(file='drug_info.tsv', )
# Error in scan(file, what, nmax, sep, dec, quote, skip, nlines, na.strings,  : 
#   line 1 did not have 10 elements
scan("drug_info.tsv")
# Error in scan(file, what, nmax, sep, dec, quote, skip, nlines, na.strings,  : 
#   scan() expected 'a real', got 'ChallengeName'
scan(file = "drug_info.tsv")
# Error in scan(file, what, nmax, sep, dec, quote, skip, nlines, na.strings,  : 
#   scan() expected 'a real', got 'ChallengeName'

我该如何阅读？

Answer 1

这应该这样做：

read.table(file = 'drug_info.tsv', sep = '\t', header = TRUE)

Answer 2

使用包中的fread.table将读取数据，并将跳过使用read.table获得的错误。

require(data.table)

data<-as.data.frame(fread("drug_info.tsv"))

Answer 3

假设只有第一行没有正确数量的元素，并且这是列名称行。跳过第一行：

 d <- read.table('drug_info.tsv', skip=1)

现在阅读

 first <- readLines('drug_info.tsv', n=1)

检查它，修复它使其元素数量匹配d然后

 colnames(d) <- first

如果这不起作用，你可以

 x <- readLines('drug_info.tsv')  

和这样的诊断：

 sapply(x, length)

Answer 4

您可以将数据像csv一样对待，并指定制表符分隔。

read.csv("drug_info.tsv", sep = "\t")

Answer 5

您需要包含fill = TRUE。

test <- read.table(file='drug_info.tsv', sep = '\t', header = TRUE, fill = TRUE)

Answer 6

如果您不想安装其他库，则在这种情况下最常使用

utils::read.delim()。示例代码可能类似于：

test <- read.delim(file='drug_info.tsv')

或者readr library可以提供更友好的io功能，其中read_tsv named function可以直接使用：

test <- readr::read_tsv('drug_info.tsv')