Question

我在使用os.system（）或subprocess（）通过Python运行Rscript时遇到问题。

使用os.system（）通过python运行命令通常对我来说很好（例如使用gdalwarp.exe）但不适用于Rscript.exe。

我能看到的唯一区别是路径中的空格。

通过将路径放在引号中，可以在CMD窗口中轻松克服路径中空格的问题。执行以下命令是成功的。

"C:/Program Files/R/R-3.0.2/bin/Rscript.exe" "D:/.../otsu_Script.R"

但我被Python困住了。到目前为止我用python尝试了什么：

os.system("C:/Program Files/R/R-3.0.2/bin/Rscript.exe" "D:/.../otsu_Script.R")
os.system(r"C:/Program Files/R/R-3.0.2/bin/Rscript.exe" "D:/.../otsu_Script.R")
os.system(r'"C:/Program Files/R/R-3.0.2/bin/Rscript.exe" "D:/.../otsu_Script.R"')
subprocess.call([r'C:/Program Files/R/R-3.0.2/bin/Rscript.exe', r'D:/.../otsu_Script.R'])

有人看到我做错了什么吗？提前致谢，埃克

Answer 1

在精神上遇到这么简单的问题之后。我决定将RStatistics重新安装到没有空格或点的路径，例如： C:/R/bin/Rscript.exe。

现在 subprocess.call(["C:/R/bin/Rscript.exe", "D:/otsu_Script.R"] )或 os.system("C:/R/bin/Rscript.exe D:/otsu_Script.R")工作正常。应该在两天前试过......

...但是现在我仍然是一只快乐的猴子： - ）

Answer 2

现在可能已经太晚了，我看到你解决了这个问题，但我遇到了类似的问题（虽然在Linux系统中），现在可能对其他人有所帮助;虽然它直接在终端/命令行上工作，但是当在python中调用时，此命令不起作用。

os.system("R CMD BATCH ./read_lengths_batch.R")

我尝试了很多解决方案，包括subprocess和其他人，但发现它比这更容易。在我的情况下，我理解它在Windows中可能有所不同，我只需在调用结束时添加&，以便在后台运行。不知怎的，似乎R会用Python脚本关闭而不是做它的工作。

os.system("R CMD BATCH ./read_lengths_batch.R &")

奇怪的是，如果在我的文件夹中，我会使用.txt扩展名复制相同的文件：read_lengths_batch.R和read_lengths_batch.txt。

希望它有所帮助！

使用os.system（）或subprocess（）通过Python运行Rscript

2 个答案: