Question

我正在尝试在python2.6.6中运行subsample0.0.6包（为了能够运行类似＆＃34;＆gt; subsample -n 1000 big_data.csv＆＃34;在python中）

安装子样本之后，在我检查＆＃34; import subsample＆＃34;后，它似乎首先工作，但是当我移动到另一个目录并尝试运行命令时，我收到错误。谁能告诉我们发生了什么，或者我应该从这里做些什么？

[sbsuser@localhost ~]$ python2.6
Python 2.6.6 (r266:84292, Nov 21 2013, 10:50:32)
[GCC 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-4)] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import subsample
>>> help(subsample)
>>> import numpy
>>> import HTSeq
>>> quit()
[sbsuser@localhost ~]$ cd /illumina/runs/
[sbsuser@localhost runs]$ python2.6 subsample -n 1000 deseq.csv > s_des.csv
python2.6: can't open file 'subsample': [Errno 2] No such file or directory
[sbsuser@localhost runs]$ python2.6 subsample.py -n 1000 deseq.csv >       s_des.csv
Traceback (most recent call last):
   File "subsample.py", line 4, in <module>
    fraction = float( sys.argv[1] )
ValueError: invalid literal for float(): -n
[sbsuser@localhost runs]$ python2.6
Python 2.6.6 (r266:84292, Nov 21 2013, 10:50:32)

linux2上的

[GCC 4.4.7 20120313（Red Hat 4.4.7-4）] 输入＆＃34; help＆＃34;，＆＃34; copyright＆＃34;，＆＃34; credit＆＃34;或＆＃34;许可证＆＃34;了解更多信息。

导入子样本           Traceback（最近一次调用最后一次）：             文件＆＃34;＆＃34;，第1行，in             文件＆＃34; subsample.py＆＃34;，第4行，in               fraction = float（sys.argv [1]）           IndexError：列表索引超出范围

Answer 1

package有自己的名为subsample的可执行文件，因此您需要按如下方式调用命令：

$ subsample -n 1000 deseq.csv > s_des.csv

python2.6中子样本为0.0.6的错误

1 个答案: