使用传递文件的a.R在命令行上调用RMarkdown

Question

总之，我在RStudio中的'input_file1.txt'上使用我的脚本'Graphs.R'来创建一个Rmd然后我编织成html。我想自动执行此过程以在命令行上运行更多文件。

到目前为止，我可以使用以下命令在命令行上运行Rscript：

  

Rscript Graphs.R input_file1.txt

我也知道我可以使用以下方法创建.RMD文件：

  

Rscript -e rmarkdown :: render（Graphs.R）

但是，我想做以下事情：

  

Rscript -e rmarkdown :: render（'Graphs.R input_file1.txt'，'output_file.Rmd'）

有任何想法如何做到这一点？

Answer 1

目前还不完全清楚你要做什么。看起来你有一个文本文件必须通过R脚本转换为Rmd（为什么它不只是一个Rmd开头？）然后你想渲染Rmd。您可以通过在终端中运行以下命令来执行此操作：

Rscript Graphs.R
Rscript -e "rmarkdown::render('output_file.Rmd')"

第一个命令运行Graphs.R文件，该文件可能会生成output_file.Rmd。第二个命令运行一个单行程序，将output_file.Rmd编织成output_file.html。

如果要读取R文件中的命令行参数，请尝试？commandArgs。

args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)

另见Stack Overflow question。