Question

我正在尝试计算非常长时间序列的dtw距离，但是我得到一个错误，表明我无法为矩阵分配内存。

我在这做什么：

library(dtw)

set.seed(1234)
N <- 300000
x <- rnorm(N)
y <- rnorm(N)

dtw(x,y,distance.only=TRUE)$distance

Error: cannot allocate vector of size 670.6 Gb

有没有另一种方法来计算不需要分配如此多内存的dtw距离？

Answer 1

我不知道这个包，但是来自你的包的companion paper：

较大的问题可以通过近似策略来解决，例如，计算下采样时间序列之间的初步对齐（Salvador and Chan 2004）;索引（Keogh and Ratanamahatana 2005）;要么将其中一个序列分成块然后迭代子序列匹配。

后一种选择可以通过以下方式实现：

  lapply(split(y,1:100),                      ## I split y in 100 chnucks
       function(z)dtw(x,z,distance.only=TRUE)$distance)

PS：这里的大一点，意味着超过8000×8000点（接近虚拟内存限制）的问题，这就是你的情况。

R长时间序列的动态时间扭曲

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