使用R和缩代词的流行病学曲线给出了错误的epiweeks

Question

我一直在尝试使用R包在epitools制作流行曲线。根据文档，您可以从日期变量自动生成流行病学周，类似于我在STATA中所做的很长时间。 Fyi，流行病学周与年周数不同：

  

根据定义，一年中的第一个epi周结束于第一周   1月的星期六，只要它至少落入四天   月。每个epi周从星期日开始，到星期六结束。

• http://www.cmmcp.org/epiweek.htm

• https://wiki.ecdc.europa.eu/fem/f/1287/p/576/681.aspx#681

  graphlabels＆LT; -epicurve.weeks（DATE_variable，                             axisnames = FALSE，                             xlab =“年度周”，                             ylab =“每周病例数”，                             tick.offset = 0.5，                             COL = mypalette）             轴（1，                  at = graphlabels $ xvals，                  labels = graphlabels $ cweek，                  tick = FALSE，                  line = 0，
  ）

这会自动生成一条漂亮的曲线：

我想，“华友世纪!!”但是，唉，作为一名科学家，我使用STATA以及手动双重检查数据，并注意到数据不对应！

• 我对epitool套餐做错了，它给了我错误的史诗周？

Answer 1

经过一些进一步的讨论和研究，流行病学周数的计算方法存在差异。

EPITOOLS as.week

  

在公共卫生中，可报告的疾病通常由疾病报告   周＆＃39; （报告的一周或症状发作的一周）。在R，周   在同一年从0到53编号。第1周的第一天   从一年的第一个星期日或星期一开始。前几天   第1周编号为0。与R相比，as.week功能   产生从1到53的周数。第1周前一周继续   上一年最后一周的价值（52或53）。该   as.week功能促进了多年的工作   产生流行病曲线。

MMWR周

  

MMWR周的值范围从1到53，尽管大多数年份包括在内   52周任何MMWR周的第一天是星期天。 MMWR周   编号顺序从1开始，每个都递增   每周最多52或53. MMWR周的MMWR第1周是   一年中的第一周，在日历中至少有四天   年。例如，如果1月1日发生在星期日，星期一，星期二或   周三，包括1月1日在内的日历周将是MMWR   第1周。如果1月1日发生在星期四，星期五或星期六，那么   包括1月1日的日历周将是最后一个MMWR周   前一年（＃52或＃53）。因为这个规则，12月29日，30日，   和31可能会落入以下MMWR的MMWR第1周   年。

STI的EPIWEEK

  

每个流行病学周从星期日开始，到星期六结束。和   一年中的第一个流行病学周在第一个星期六结束   一月，只要它至少落入四天或更长时间   月

ISO（或商业）周

  

ISO周编号年份（也称非正式ISO年份）有52或   整整53个星期。那是364或371天而不是通常的365或366天   天。额外的一周在这里被称为闰周，尽管是ISO   8601不使用此术语。周从星期一开始。第一周   一年是包含一年中第一个星期四的那一周

周＆＃34;你＆＃34;在SAS

  

每个流行病学周从星期日开始，到星期六结束。和   一年中第一个流行病学周包含星期天。周范围   从0到53但不总是算7天