Question

我有两个数据框 - 一个包含所有样本的列表（样本ID，区域等）（sampleid.df），另一个包含每个样本中的计数列表（obs.count）。我需要的是一个列出所有样本的表，并提供所有obs.measur的总和（通过sampleid） - 此外，返回没有计数的样本应该得到0.我尝试了聚合并合并，但长度的差异是一个问题。任何想法/建议都非常赞赏。

sampleid.df <- data.frame(sampleid = 1:20)
sampleid.df$sampleid <- as.factor(sampleid.df$sampleid)

obs.count  <- data.frame(counts = c(sample(1:50,15,rep=TRUE)), sampleid = c(sample(1:20,15,rep=TRUE)))

Answer 1

您可以使用选项merge尝试all=TRUE，以便输出（＆＃34; df1＆＃34;）将为＆＃34;样本＆＃34;来自＆＃34; sampleid.df＆＃34;在＆＃34; obs.count＆＃34;的同一列中没有匹配项。然后使用aggregate选项na.action=na.pass（默认情况下，选项为na.action=na.omit）也包含NA行。在na.rm=TRUE中使用sum删除NAs，但如果是特定的＆＃34; sampleid＆＃34;只有NA，它将返回NA。

df1 <- merge(sampleid.df, obs.count, all=TRUE)
res <- aggregate(counts~sampleid, df1, sum, na.rm=TRUE, na.action=na.pass)
res$counts[is.na(res$counts)] <- 0

基于来自第二数据帧的因子对组值进行求和

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