Question

我在子目录中有一系列文件，我想根据输入的文件名和我用来处理文件的各种参数（模型）循环，处理和命名。

例如文件名，如AG005574，AG004788，AG003854和参数/模型值，如ATd，PZa，RTK1，所以我想以像 AG005574_ATd AG005574_PZa AG005574_RTK1 AG004788_ATd AG004788_PZa 等等我循环遍历子文件夹，运行该过程并输出结果，如下所示：

#!/usr/bin/bash

model=$1
for file in $(find /path/to/files/*/ -type f -name 'AG*.fa');
     do output=${model}"_"${file} ;
        process_call --out=$output."tab" --options ../Path/to/model/$1.hmm $file ;
    echo $file
done

我希望能够在命令行上指定模型（因此模型= $ 1）。但是，我的方法一般不起作用;我可以使用

获取模型命名的输出

do output=$model ;

但是这也只写了最后处理的文件，因为它覆盖了所有其他文件（并且没有使用输入文件名）。非常感谢任何帮助/辅导。

Answer 1

我认为您的问题是find提供的文件名是：

/path/to/files/xyz/AG002378.fa

您的output参数变为，$1为ATd，

ATd_/path/to/files/xyz/AG002378.fa

而不是：

/path/to/files/xyz/AG002378_ATd

也就是说，您希望删除.fa，并添加_ATd。

经典命令是dirname和basename：

dir=$(dirname "$file")
base=$(basename "$file" .fa)
output="$dir/${file}_$1"

您可以使用以下方法：

base_with_suffix=${file##*/}
base=${base_with_suffix%.fa}

不调用外部命令。 dirname操作也可以完成：

dir=${file%/*}

但我认为basename和dirname更清楚（但我可能会被多年的经验所困扰，在此期间没有替代方案）。此外，还有一些边缘情况，字符串处理表达式不能正常工作，但命令可以正常工作，但它们不太可能真正影响您的代码。

您的问题并不完全清楚您想要的输出结果，但所显示主题的变化应该可以让您解决问题。

Answer 2

将所有模型名称作为参数传递给脚本：

/path/to/script ATd PZa RTK1

然后

#!/bin/bash    
find /path/to/files/*/ -type f -name 'AG*.fa' | 
while IFS= read -r file; do
    echo "$file"
    for model in "$@"; do
        output="${file%.fa}_$model.tab"
        process_call --out="$output" --options "../Path/to/model/$model.hmm" "$file"
    done
done

如果您已经了解所有模型，则可以将其构建到脚本中：

#!/bin/bash    
models=( ATd PZa RTK1 )
...
    for model in "${models[@]}"; do
...

使用bash中的变量参数和输入文件名命名输出文件

2 个答案: