Question

我在R中有这个奇怪的场景，其中rmarkdown :: render（）函数意外执行。给出以下简单的脚本/ test.Rmd

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title: test
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```{r test}
plot(1:10)
```

然后我有以下R代码：

> getwd()
[1] "/projects/test_project"
library('rmarkdown')
rmarkdown::render("scripts/test.Rmd", output_file = 'test.html', output_dir = paste( getwd(), '/', 'reports', sep = '') )

这最终会产生输出：

/projects/test_project/scripts/reports/test.html

这对我来说意外，因为：

> paste( getwd(), '/', 'reports', sep = '') )
/projects/test_project/reports

我希望在这里生成test.html /projects/test_project/reports/test.html。有趣的是，当我放弃getwd（）并将路径用作字符串时：

 > render("scripts/test.Rmd", output_file = 'test.html', output_dir = "/projects/test_project/reports" )

这将在预期位置生成文件。有什么想法吗？

> sessionInfo()
R version 3.1.2 (2014-10-31)
Platform: x86_64-apple-darwin14.1.0 (64-bit)

locale:
[1] en_CA.UTF-8/en_CA.UTF-8/en_CA.UTF-8/C/en_CA.UTF-8/en_CA.UTF-8

attached base packages:
[1] splines   grid      stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base

other attached packages:
 [1] rmarkdown_0.4.2    scales_0.2.4       broom_0.3.5        data.table_1.9.4   gplots_2.15.0      RColorBrewer_1.1-2 reshape2_1.4.1     dplyr_0.3.0.2      ggplot2_1.0.0
[10] stringr_0.6.2      plyr_1.8.1         survival_2.37-7    xtable_1.7-4       fields_7.1         maps_2.3-9         spam_1.0-1         knitr_1.8          argparse_1.0.1
[19] proto_0.3-10       vimcom_1.0-0       setwidth_1.0-3     colorout_1.1-0

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] assertthat_0.1     bitops_1.0-6       caTools_1.17.1     chron_2.3-45       colorspace_1.2-4   DBI_0.3.1          digest_0.6.8       evaluate_0.5.5     findpython_1.0.1
[10] formatR_1.0        gdata_2.13.3       getopt_1.20.0      gtable_0.1.2       gtools_3.4.1       htmltools_0.2.6    KernSmooth_2.23-13 lazyeval_0.1.10    magrittr_1.5
[19] MASS_7.3-35        munsell_0.4.2      parallel_3.1.2     psych_1.4.8.11     Rcpp_0.11.3        rjson_0.2.15       tidyr_0.2.0        tools_3.1.2        yaml_2.1.13

Answer 1

我遇到了同样的问题，感觉可能是因为render()函数中存在一个小错误。我在其github页面上提出了一个问题： https://github.com/rstudio/rmarkdown/issues/416

作为我正在使用的解决方法/黑客：

require(rmarkdown)
fl = render("awesome.Rmd")
file.copy(fl, getwd())

希望有所帮助。

在rmarkdown :: render（rmarkdown R包）的output_dir参数中使用getwd（）函数会产生意外结果

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