提交到队列时Python缺少库

时间:2015-01-07 11:13:47

标签: cluster-computing

我正在尝试使用科学的linux操作系统向SGE集群上的队列提交python作业。

我一直收到错误:

ImportError:libg2c.so.0:无法打开共享对象文件:没有这样的文件或目录

当脚本使用numpy时。

库不存在于任何从节点上,并且似乎只在本地安装在头节点上。我可以完全访问此群集,但我对群集管理相对缺乏经验。

我试过了:

export LD_LIBRARY_PATH=<path_to_lib>:$LD_LIBRARY_PATH

但我得到同样的错误。

有没有办法使用这个python而无需在所有节点上安装它?

如果唯一的方法是将此python打开到所有其他节点,那么最好的方法是什么?

由于

1 个答案:

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事实证明,答案看似简单。我一直在终端中使用extract命令。相反,我包括

export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64/:$LD_LIBRARY_PATH

在模块文件中。现在,当我加载模块时,库已加载它,一切正常。

我不确定为什么会这样,但希望这会对其他人有所帮助。