Question

我想知道是否有可能在igraph创建重叠社区？

df1：顶点列表及其成员资格

编辑：id引用顶点名称，成员资格是指顶点社区id，所以顶点1是属于两个社区：3和2

df1<- structure(list(id = c(1L,2L,3L, 4L, 5L,6L, 7L, 8L,9L), membership = list(c(3, 2),c(2),c(1),c(4),
                                                                             c(4, 1),c(2, 4),
                                                                             c(1),c(1, 3),c(2,1,3))),
                                                           .Names = c("id","membership"),class = "data.frame", row.names = c(NA, -9L))
#id membership
#1  1       3, 2
#2  2          2
#3  3          1
#4  4          4
#5  5       4, 1
#6  6       2, 4
#7  7          1
#8  8       1, 3
#9  9    2, 1, 3

df2：具有边缘成员资格的边缘列表

df2<- structure(list(id1 = c(1L,2L,5L,8L,9L,4L,6L),id2 = c(3L,5L,8L,1L,2L,3L,7L), membership = list(c(1),c(2),c(1,4),c(3,2),
                                                                           c(1,3, 4),c(3),c(1,2))),
            .Names = c("id1","id2","membership"),class = "data.frame", row.names = c(NA, -7L))
    #id1 id2 membership
#1   1   3          1
#2   2   5          2
#3   5   8       1, 4
#4   8   1       3, 2
#5   9   2    1, 3, 4
#6   4   3          3
#7   6   7       1, 2

请考虑我们要创建一个社区对象：

  # diffrent membership vector from df1 
mem <-sapply(1:max(sapply(df1$membership, function(x)length(x))),function(y){
  unlist(lapply(df1$membership,function(x) x[y]))})

         # [,1] [,2] [,3]
# [1,]    3    2   NA
# [2,]    2   NA   NA
# [3,]    1   NA   NA
# [4,]    4   NA   NA
# [5,]    4    1   NA
# [6,]    2    4   NA
# [7,]    1   NA   NA
# [8,]    1    3   NA
# [9,]    2    1    3

#create community objects for each membership vector
com<-sapply(1:ncol(mem),function(x) create.communities(membership=mem[,x], algorithm = NULL, merges = NULL,
                        modularity = NULL))

# com
#[[1]]
#Graph community structure calculated with the unknown algorithm
#Number of communities: 4 
#Membership vector:
#[1]  3  2  1  4  4  2  1  1  2

# [[2]]
#Graph community structure calculated with the unknown algorithm
#Number of communities: NA 
#Membership vector:
#[1]  2 NA NA NA  1  4 NA  3  1

#[[3]]
#Graph community structure calculated with the unknown algorithm
#Number of communities: NA 
#Membership vector:
#[1] NA NA NA NA NA NA NA NA  3

   **Edit**:graph=graph.data.frame(df2,directed=FALSE)
    sapply (1:length(com),function(x) plot.communities(com[[x]],graph))

最后一行给我一个错误Error in membership(x) : Cannot calculate community membership，因为它无法计算社区成员中包含NA的社区数量

那么，在igraph中创建这些重叠社区的解决方案是什么？提前谢谢你，对不起，我很抱歉。

Answer 1

我不清楚df1中列名称的含义。
您似乎根本不使用df2。你为什么定义它？
到达函数plot.communities时出错。这是个人功能吗？
我在代码中的任何地方都看不到变量graph，因此也会产生错误。

在任何情况下，当创建mem，则首先使用的df1$membership，然后，第二等对于一些（列2-4，7），有第一值membership中只有一个元素，因此返回NA。您可能必须明确检查元素的长度。

所以类似的东西可能就是你想要的（但如果你不得不替换ifelse条件）：

mem＆lt; - sapply（1：max（sapply（df1 $ membership，length）），function（y）


sapply（df1 $ membership，function（x）


ifelse（length（x）＆lt; y，x [1]，x [y]）））



＆GT; MEM
 [,1] [,2] [,3]
[1，] 3 2 3

[2，] 2 2 2

[3，] 1 1 1

[4，] 4 4 4

[5，] 4 1 4

[6，] 2 4 2

[7，] 1 1 1

[8，] 1 3 1

[9，] 2 1 3

我也略微改变了代码（例如摆脱了unlist(lapply）。

编辑：此外，在创建com时，您可能需要lapply而不是sapply。

如何在igraph中创建重叠社区？

1 个答案: