无法从R中的gamm模型中提取logLik

Question

可能是一个愚蠢的问题，但经过几个小时的寻找答案，我仍然没有找到解决方案。 我运行了一个gamm模型，模型似乎工作正常。我现在想要使用模型（mod1）中计算的对数似然来计算模型的AIC。

模型运行如下

mod1<-gamm(Biomass..g. ~ Atoll + SizeCm + Depth + OuterOrLagoon,random=list(SiteID=~1),family=gaussian,data=RMI2014, method = "REML")

然后在模型运行之后我尝试使用以下代码获取AIC，该代码返回后续错误

> AIC(mod1, k=2)
Error in UseMethod("logLik") : 
no applicable method for 'logLik' applied to an object of class "c('gamm', 'list')"

最初我认为这是错误的，因为我使用的是REML而不是Max Likelihood，但是在不使用REML时会返回相同的错误。

是不是因为我在伽马中有一个随机因素才会返回错误？

请帮忙！

干杯，泰森

Answer 1

根据documentation，gamm调用的结果是包含两个类型为gam和lme的对象的列表。

你可以获得lme模型的AIC和logLik，例如：

AIC(mod1$lme)

我不太了解gamm模型，如果这相当于你所追求的内容（你可能想在cross validated重新发布）