程序从终端运行良好，但不能从shell脚本运行

Question

我在Linux Mint上。

我有一个名为samtools的程序，它存储在我桌面上的一个文件夹中。我已将可执行文件的路径添加到$ PATH变量中。换句话说，我的本地〜/ .bashrc文件有一行：

export PATH="~/Desktop/samtools/samtools-1.1:$PATH"

名为samtools的可执行文件位于此文件夹中。

因此，当我尝试从命令行启动它时，只需输入＆＃34; samtools＆＃34;有用。当我在命令行中键入可执行文件的直接路径时，它也有效。

但是，当我尝试从shell脚本启动它时，它不会启动，并且说没有找到这样的文件或目录。

实际上，我正在尝试使用另一个使用一些shell脚本来预处理某些数据的软件。我得到的错误看起来像这样：

Indexing...
./RD_capture//process_one_capture.sh: 17: ./RD_capture//process_one_capture.sh: samtools: not found
 Sorting...
 ./RD_capture//process_one_capture.sh: 20: ./RD_capture//process_one_capture.sh: samtools: not found
 Piling up...
./RD_capture//process_one_capture.sh: 23: ./RD_capture//process_one_capture.sh: samtools: not found

Shell代码如下所示：

echo "Indexing..."
samtools index $INPUTDIR/$sample.bam
#Then we sort them
echo "Sorting..."
samtools sort $INPUTDIR/$sample.bam $TMPDIR/$sample.sorted
#Finally we pile them up
echo "Piling up..."
samtools mpileup $TMPDIR/$sample.sorted.bam | cut -f 1-4 > $OUTPUT/$(basename $sample .bam).pile

任何人都可以帮我解决这个问题吗？

Answer 1

看起来Linux无法找到samtools。

解决此问题： 在开头声明这一点（使用导致pwd可执行文件的路径更改pwd

export set CURRENT_DIR=`pwd`

并且在调用samtools时使用

$CURRENT_DIR/samtools

注1：当负责从/usr/bin/sh执行shell脚本时，您有责任告诉shell脚本的确切路径。尝试使用命令在控制台上回显路径，如果这没有帮助，如下所示：

echo `pwd`

注2：使用上面的后面引号，它位于键盘的左上角。

注3： export set用于在shell脚本中存储全局变量，以便在此命令之后出现的命令可以使用此变量并在需要时更新它。