Question

我试图在PyMC3中对多个链进行采样。在PyMC2中我会做这样的事情：

for i in range(N):
    model.sample(iter=iter, burn=burn, thin = thin)

我应该如何在PyMC3中做同样的事情？我看到有一个'njobs＆＃39; ＆＃39;样本中的论点＆＃39;方法，但是当我为它设置一个值时会抛出一个错误。我想使用采样链来获得pymc.gelman_rubin＆＃39;输出

Answer 1

最好是使用njobs并行运行链：

#!/usr/bin/env python3

import pymc3 as pm
import numpy as np

from pymc3.backends.base import merge_traces

xobs = 4 + np.random.randn(20)

model = pm.Model()
with model:
    mu = pm.Normal('mu', mu=0, sd=20)
    x = pm.Normal('x', mu=mu, sd=1., observed=xobs)
    step = pm.NUTS()

with model:
    trace = pm.sample(1000, step, njobs=2)

Answer 2

要以串行方式运行它们，您可以使用与PyMC 2类似的方法例。主要区别在于每次调用sample都会返回一个多链跟踪实例（在此只包含一个链）案件）。 merge_traces将列出多链实例和用所有链创建一个单独的实例。

#!/usr/bin/env python3

import pymc as pm
import numpy as np

from pymc.backends.base import merge_traces

xobs = 4 + np.random.randn(20)

model = pm.Model()
with model:
    mu = pm.Normal('mu', mu=0, sd=20)
    x = pm.Normal('x', mu=mu, sd=1., observed=xobs)
    step = pm.NUTS()

with model:
    trace = merge_traces([pm.sample(1000, step, chain=i)
                          for i in range(2)])

如何在PyMC3中对多个链进行采样

2 个答案: