Question

所以，我正在使用igraph库计算R中的图形交集。我用这个命令： str(g1 %s% g2 %s% g3)。

图表统计数据如下：

g1
IGRAPH UN-- 68 41 -- 
+ attr: name (v/c)

g2
IGRAPH UN-- 149 94 -- 
+ attr: name (v/c)

g3
IGRAPH UN-- 164 106 -- 
+ attr: name (v/c)

现在，我将这三个图的交集计算为：

temp <- str(g1 %s% g2 %s% g3)

当我看到temp时，

IGRAPH UN-- 335 0 -- 
+ attr: name (v/c)

这怎么可能？当我计算公共元素时，相交图中的最终顶点怎么可能比单个元素更多？

Answer 1

您可以使用keep.all.vertices参数graph.intersection()，http://igraph.org/r/doc/graph.intersection.html如果您使用此参数，则需要直接拨打graph.intersection()，而不是使用中缀运算符，以便您可以传递额外的参数。使用其他答案的例子：

library(igraph)
g1 <- graph.formula(A -- B -- C -- D)
g2 <- graph.formula(C -- E -- D -- C)
g <- graph.intersection(g1, g2, keep.all.vertices = FALSE)
str(g)
#> IGRAPH UN-- 2 1 -- 
#> + attr: name (v/c)
#> + edges (vertex names):
#> [1] C--D

您可以将两个以上的图表传递给graph.intersection()。

Answer 2

尝试此示例：g1有4个顶点（A，B，C和D）和3个边，以及g2 3个顶点（C，D和E）和3个边。

require(igraph)
g1 <- graph.formula(A -- B -- C -- D)
g2 <- graph.formula(C -- E -- D -- C)
g <- str(g1 %s% g2)

在交叉点（g）中，有5个顶点（A，B，C，D和E），唯一的公共边是在C和D之间。

g
# IGRAPH UN-- 5 1 -- 
# + attr: name (v/c)

解释是，为了计算＆＃34;交叉口＆＃34;在2个或更多图形中，您需要处理两个（或更多）顶点集合的并集。

我没有任何好的解决方案来获得公共顶点上的＆＃34;交叉图＆＃34;。但我可以提出一些可能很脏的东西。希望有人会提出一个更清洁的解决方案：

ids <- which(V(g)$name %in% intersect(V(g1)$name, V(g2)$name))
g_intersection <- induced.subgraph(g, vids=ids)
# IGRAPH UN-- 2 1 -- 
# + attr: name (v/c)

在R中使用igraph的图形交叉

2 个答案: