3D表空间的动态编程问题是什么？

Question

我听说过2D表空间的动态编程问题（即Smith Waterman）。我想知道3D表空间是否存在DP问题。我遇到了2个这样的问题（3D背包和所有对最短路径），但我需要找到统一依赖的问题，即（i，j，k）取决于（i + a，j + b，k + c）其中a，b，c是整数（负数或正数）。例如，Smith Waterman（i，j）依赖于（i-1，j），（i，j-1）和（i-1，j-1），其中依赖关系是统一的，但是2D表空间。

Answer 1

没有什么可以阻止你使用超过2维的史密斯 - 沃特曼。 3D Smith-Waterman将是3次读取的最佳对齐。

我们不经常做2D Smith-Waterman的原因是你添加的读数越多，搜索空间和内存呈指数级增长，因此在多次读取时使用它是不可行的。这就是为什么多序列比对通常是基于启发式的并且不是最优的。