Question

您好我想编辑NetCDF文件中的一些信息，举个例子，假设您有一个带有下一个信息的文件的ncdump：

NetCDF dimension information:
 Name: lon
    size: 144
    type: dtype('float64')
 Name: lat
    size: 73
    type: dtype('float64')
 Name: time
    size: 29220
    type: dtype('float64')
NetCDF variable information:
 Name: rlut
    dimensions: (u'time', u'lat', u'lon')
    type: dtype('float32')

我想为'经度'改变'lon'。我尝试过：

from netCDF4 import Dataset
path="Here goes the file path"
f=Dataset(path,'r+')
f.renameDimension(u'lon',u'longitude')
f.close()

但在此之后，当我尝试再次读取文件以执行不同的操作时，该文件不再起作用。

任何帮助我都会感谢你。

Answer 1

感谢N1B4建议使用NCO，这是一个非常好的工作和编辑NetCDF文件的选项。

我想在这里发布我的解决方案草图，可能有兴趣使用netcdf4库使用python修改NetCDF文件。我们的想法是创建一个新的NetCDF文件，从现有文件中导入信息。

#First import the netcdf4 library
from netCDF4 import Dataset  # http://code.google.com/p/netcdf4-python/

# Read en existing NetCDF file and create a new one
# f is going to be the existing NetCDF file from where we want to import data
# and g is going to be the new file.

f=Dataset('pathtoexistingfile','r') # r is for read only
g=Dataset('name of the new file','w') # w if for creating a file
                                      # if the file exists it the 
                                      # file will be deleted to write on it


# To copy the global attributes of the netCDF file  

for attname in f.ncattrs():
    setattr(g,attname,getattr(f,attname))

# To copy the dimension of the netCDF file

for dimname,dim in f.dimensions.iteritems():
       # if you want to make changes in the dimensions of the new file
       # you should add your own conditions here before the creation of the dimension.
        g.createDimension(dimname,len(dim))


# To copy the variables of the netCDF file

for varname,ncvar in f.variables.iteritems():
       # if you want to make changes in the variables of the new file
       # you should add your own conditions here before the creation of the variable.
       var = g.createVariable(varname,ncvar.dtype,ncvar.dimensions)
       #Proceed to copy the variable attributes
       for attname in ncvar.ncattrs():  
          setattr(var,attname,getattr(ncvar,attname))
       #Finally copy the variable data to the new created variable
       var[:] = ncvar[:]


f.close()
g.close()

我希望这对你有用。

Answer 2

即使这是一个很老的帖子，添加它仍然可能很有价值：

在我的案例中，Ajaramillo指示的方法不起作用，因为缺少重命名变量名，而不仅仅是重命名维度的方法。这对我有用：

from netCDF4 import Dataset
path="Here goes the file path"
f=Dataset(path,'r+')
f.renameDimension(u'lon',u'longitude')
f.renameVariable(u'lon',u'longitude')
f.renameDimension(u'lat',u'latitude')
f.renameVariable(u'lat',u'latitude')
f.close()

Answer 3

如果您不需要使用Python，我建议使用NCO ncrename函数：http://nco.sourceforge.net/nco.html#ncrename-netCDF-Renamer

ncrename -d lon,longitude sample_file.nc

Answer 4

我认为您还需要修改对重命名维度的任何引用。例如。你的变量rlut，它的维度是＆＃39; lon＆＃39;，它已被重命名为经度＆＃39;。不确定是否可以通过就地编辑来完成。您可能需要使用以下方法创建文件的新副本：

createVariable('rlut', 'f4', ('time', 'lat', 'longitude')

使用python更改netcdf文件中的维度名称

4 个答案: