Question

尝试使用R中的annHeatmap2制作热图（因此我可以使用3个二进制变量和行名称注释行）热图数据和注释数据与不同列位于同一csv文件中（第1列中的热图数据）：4和之后的二进制注释）

我的问题是在行上获取注释，因为下面的代码会强制对列进行注释。

作为一个补贴问题，我不能为我的生活关闭树形图/聚类。任何帮助都会很棒。

map1 = annHeatmap2(mydata_matrix[1:4,], ann=list(Col=list(data=pData(mydata_matrix[4:7,]))), cluster=list(Col=list(cuth=3000)))  
plot(map1)

附上一个示例数据集

GeneName    wt  basal   aa basal    wt PMA 1h   aa PMA 1h   var1    var2    var3
Osm 79.04263765 87.7338764  271.0823488 78.54386727 0   0   1
Il10    16.19566857 27.7348142  758.0504883 209.5772766 1   1   1
Nr4a1   2850.181935 2867.378369 41778.06162 12366.60255 0   1   1
Zfp36   202.9647756 150.495029  1385.650968 535.7451794 1   1   1
Chka    56.31912295 56.75597066 211.3589101 85.5156186  0   0   0
Phlda1  3303.725954 4276.452597 56005.96237 23852.14205 0   1   0
ENSMUST00000107563  133.9562031 139.1866568 872.5107413 364.9401856 0   0   0

Answer 1

在行显示的注释列表中尝试行，在没有群集的情况下尝试群集状态“否”：（见？annHeatmap2）

map1 = annHeatmap2(mydata_matrix[1:4,],
ann = list(Row = list(data=pData(mydata_matrix[4:7,]))),
cluster = list(status="no")))
plot(map1)

Answer 2

要显示行树形图但隐藏列的树形图，请使用以下内容： ...,dendrogram = list(Row = list(dendro = as.dendrogram(row.clus)),Col=list(status="hide")),...

此信息可在＆＃34;创建热图使用包Heatplus＆＃34;晕影。

使用annHeatmap2制作带注释的热图R.

2 个答案: