在从相对较小的数据制作热图时,在R中获取堆栈溢出错误?

时间:2013-06-05 15:27:50

标签: r stack-overflow heatmap

我正在使用R从具有4列(处理)和几百行的矩阵创建热图。这就是我所做的一切:

d <- read.delim("myData.txt",header=TRUE,stringsAsFactors=FALSE , row.names = 1 )
d <- as.matrix(d)
heatmap(d)

...但是当R开始绘制热图时,我收到以下错误:

Error in lapply(args, is.character) : node stack overflow
Error in dev.flush() : node stack overflow
Error in dev.flush() : node stack overflow

更令人不安的是,这个特殊矩阵是我实际数据的1/100子集,仅用于测试目的。我真的不明白堆栈溢出错误的性质,因此不知道它是否是我的计算机的硬件限制,软件问题等。我已经尝试在具有500GB RAM的大型计算集群上运行相同的东西保存效果。

这是我桌面上的sessionInfo():

> sessionInfo()
R version 2.15.3 (2013-03-01)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 
[2] LC_CTYPE=English_United States.1252   
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C                          
[5] LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base 

请告诉我您可能需要的其他信息,我会及时提供。谢谢你的帮助!

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