Question

我想在这篇文章的序言中说我是R和生物信息学编码的新手，并且我非常感谢来自这个知识渊博的社区的一些意见。我在下面发布的代码的目标是生成饼图，显示BLAST结果中每个蛋白质的氨基酸丰度。我从UniProt上传了一个csv文件，将其转换为矩阵，并写出下面的代码。我一直收到错误：在AAs [i] = table（strsplit（BLAST_AA_seqs [i]，“”，useBytes = TRUE））：要替换的项目数不是替换长度的倍数。第8列是包含氨基酸序列的输出列。提前谢谢！

mydata=read.table("CDPKbeta_BLAST_results.csv",header=TRUE,sep=",")
mydata=as.matrix(mydata)

AAs=c()
BLAST_AA_seqs=c()
for(i in 1:nrow(mydata)){
  print(i)
  BLAST_AA_seqs[i]=mydata[i,8]
  AAs[i]=table(strsplit(BLAST_AA_seqs[i],"", useBytes=TRUE))
  pie(AAs, col=rainbow(length(AAs)), main="Residue abundance")
  }

Answer 1

lal<-c()
lal[1]=table(strsplit("", "", useBytes = T))

空字符串是问题（BLAST_AA_seqs [i]是空字符串）

R错误中带有strsplit的for循环

1 个答案: