Question

我正在学习cython以加速numpy。我编写了一个代码来了解如何优化numpy数组计算。 python代码是：

from numpy import *

def set_onsite(n):
    a=linspace(0,n,n+1)
    onsite=zeros([n+1,n+1],float)
    for i in range(0,n+1):
        onsite[i,i]=a[i]*a[i]
    return onsite

然后，我试图对这段代码进行cython化：

import numpy as np
cimport numpy as np
cimport cython
import cython

@cython.boundscheck(False)
@cython.wraparound(False)
@cython.nonecheck(False)

def set_onsite(np.int_t n):
     cdef np.ndarray[double,ndim=1,mode='c'] a=np.linspace(0,n,n+1)
     cdef np.ndarray[double,ndim=2,mode='c'] onsite=np.empty(n+1,n+1)
     cdef np.int_t i

     for i in range(0,n+1):
         onsite[i,i]=a[i]*a[i]
     return onsite

运行setup.py文件后，我得到了.so文件。我运行了代码%timeit myfile.set_onsite(10000)，但是IPython显示了

TypeError：数据类型不理解

所以有人能告诉我这里发生了什么吗？我多次检查了我的代码，但我没有弄清楚问题出在哪里。

Answer 1

问题与cython无关;只是np.empty期望第一个参数是作为整数的int或元组给出的形状。第二个参数被解释为dtype：

In [19]: np.empty(5,5)
TypeError: data type not understood

而np.empty((5,5))返回一个空的数组形状（5,5）。所以改为使用

 cdef np.ndarray[double,ndim=2,mode='c'] onsite=np.empty((n+1,n+1))

请注意n+1, n+1周围的两组括号。或者，使用np.zeros而不是np.empty来使Cython函数与Python函数匹配。

PS：在调试Python时，不仅要注意错误消息，还要注意引发异常的行：

  File "comp.pyx", line 13, in comp.set_onsite (comp.c:1290)
    cdef np.ndarray[double,ndim=2,mode='c'] onsite=np.empty(n+1,n+1)
TypeError: data type not understood

学习cython的问题

1 个答案: