Question

我在ArchLinux上运行，我的python版本为2.7.8，并安装了BLAS和LAPACK：

% pacman -Qs blas; pacman -Qs lapack
local/blas 3.5.0-1
    Basic Linear Algebra Subprograms
local/lapack 3.5.0-1
    Linear Algebra PACKage

通过sudo pip2 install numpy安装了Numpy，它确认它同时看到了BLAS和LAPACK：

>>> numpy.show_config()
blas_info:
    libraries = ['blas']
    library_dirs = ['/usr/lib64']
    language = f77
lapack_info:
    libraries = ['lapack']
    library_dirs = ['/usr/lib64']
    language = f77
atlas_threads_info:
  NOT AVAILABLE
blas_opt_info:
    libraries = ['blas']
    library_dirs = ['/usr/lib64']
    language = f77
    define_macros = [('NO_ATLAS_INFO', 1)]
atlas_blas_threads_info:
  NOT AVAILABLE
openblas_info:
  NOT AVAILABLE
lapack_opt_info:
    libraries = ['lapack', 'blas']
    library_dirs = ['/usr/lib64']
    language = f77
    define_macros = [('NO_ATLAS_INFO', 1)]
openblas_lapack_info:
  NOT AVAILABLE
atlas_info:
  NOT AVAILABLE
lapack_mkl_info:
  NOT AVAILABLE
blas_mkl_info:
  NOT AVAILABLE
atlas_blas_info:
  NOT AVAILABLE
mkl_info:
  NOT AVAILABLE

然而我对np.dot操作的速度测试超过30秒，当我知道在类似的机器上它在10秒内运行良好。如何解决速度问题？在使用BLAS和LAPACK支持安装numpy时，我是否遗漏了一些内容？

Answer 1

好的，这是整个故事。首先，初始设置很慢，因为BLAS是参考实现，其设计不是很快。我再说一遍，截至今天，ArchLinux Extra存储库中的包blas是参考实现。有关详细信息，请参阅Presentation部分here。

其次，有BLAS的优化版本（实际上有很多版本：ATLAS，OpenBlas，Goto BLAS，MKL等等，毫无疑问）。它们安装起来相当棘手。我最终安装了OpenBlas，这是在ArchLinux上逐步完成的概述：

安装openblas-lapack package from the AUR
安装python2-numpy-openblas package from the AUR据我所知，它与python2-numpy配置文件的普通site.cfg包不同，后者指示numpy为搜索我们在步骤1中安装的openblas库。

这些动作为我解决了问题，速度现在好多了 - 我在问题中提到的测试时间不到1秒。 numpy显示它已经用openblas编译：

>>> np.show_config()
lapack_opt_info:
    libraries = ['openblas', 'openblas']
    library_dirs = ['/usr/lib']
    language = f77
blas_opt_info:
    libraries = ['openblas', 'openblas']
    library_dirs = ['/usr/lib']
    language = f77
openblas_info:
    libraries = ['openblas', 'openblas']
    library_dirs = ['/usr/lib']
    language = f77
openblas_lapack_info:
    libraries = ['openblas', 'openblas']
    library_dirs = ['/usr/lib']
    language = f77
blas_mkl_info:
  NOT AVAILABLE

我认为为openblas设置numpy导向python3的过程看起来非常相似。

Answer 2

我的建议是从源代码构建'numpy'并将其与BLAS和LAPACK链接。

numpy.dot很慢但是安装了blas和lapack，如何解决？

2 个答案: