Question

整个数据集描述了一个模块（或者你喜欢的集群）。

为了重现该示例，数据集可在以下位置获得： https://www.dropbox.com/s/y1905suwnlib510/example_dataset.txt?dl=0

（54kb档案）

您可以阅读：

test_example <- read.table(file='example_dataset.txt')

我希望在我的情节中有this

在图上，x轴是我的时间点列，y轴是数据集上的列，最后3列除外。然后我使用facet_wrap（）按ConditionID列进行分组。

这正是我想要的，但我实现这一点的方式是使用以下代码：

plot <- ggplot(dataset, aes(x=Timepoints))
plot <- plot + geom_line(aes(y=dataset[,1],colour = dataset$InModule))
plot <- plot + geom_line(aes(y=dataset[,2],colour = dataset$InModule))
plot <- plot + geom_line(aes(y=dataset[,3],colour = dataset$InModule))
plot <- plot + geom_line(aes(y=dataset[,4],colour = dataset$InModule))
plot <- plot + geom_line(aes(y=dataset[,5],colour = dataset$InModule))
plot <- plot + geom_line(aes(y=dataset[,6],colour = dataset$InModule))
plot <- plot + geom_line(aes(y=dataset[,7],colour = dataset$InModule))
plot <- plot + geom_line(aes(y=dataset[,8],colour = dataset$InModule))
...

正如您所看到的，它不是非常自动化的。我想过放一个循环，比如

columns <- dim(dataset)[2] - 3
for (i in seq(1:columns))
{
  plot <- plot + geom_line(aes(y=dataset[,i],colour = dataset$InModule))
}
(plot <- plot + facet_wrap(  ~ ConditionID, ncol=6) )

这不起作用。我找到了这个话题 Use for loop to plot multiple lines in single plot with ggplot2对应于我的问题。我尝试了使用melt（）函数给出的解决方案。

问题在于，当我在我的数据集上使用融合时，我会丢失时间点列的信息以绘制为我的x轴。这就是我的方式：

data_melted <- dataset
as.character(data_melted$Timepoints)
dataset_melted <- melt(data_melted)

我尝试使用聚合

aggdata <-aggregate(dataset, by=list(dataset$ConditionID), FUN=length)

现在至少使用aggdata我有关于每个ConditionID有多少个时间点的信息，但我不知道如何从这里开始并将其结合在ggplot上。

任何人都可以建议我一个方法。我知道我可以使用在rbind循环中创建新数据集的丑陋解决方案（也在该链接中给出），但我不想这样做，因为它听起来效率很低。我想学习正确的方法。

由于

Answer 1

您必须在致电id.vars时指定melt.data.frame，以保留所需的所有信息。在调用ggplot时，您需要指定正确的分组变量以获得与之前相同的结果。这是一个可能的解决方案：

melted <- melt(dataset, id.vars=c("Timepoints", "InModule", "ConditionID"))
p <- ggplot(melted, aes(Timepoints, value, color = InModule)) +
  geom_line(aes(group=paste0(variable, InModule)))
p

使用ggplot将数据帧的每一列绘制为一行

1 个答案: