如何创建一个包含两个数据帧的成对比率的矩阵？

Question

我有两个数据框，一个包含基因的表达值（n = 2000），另一个包含microRNA的表达值（n = 350）。我想计算每个microRNA与每个基因的比例，然后将其可视化。

这是我正在做的事情：

我首先创建了一个空数据框

m <- as.data.frame(matrix(0, ncol = 350, nrow = 2000))

三个数据框是m，（2000,350）control.mRNA（2000,1）和control.miRNA（350,1）。

现在我正在计算彼此的比率，并将值填入空数据框

for (i in 1:nrow(control.mRNA)) {
  for (j in 1:nrow(control.miRNA)) {
    m[i,j] <- control.miRNA[j]/control.mRNA[i]
  }
}

但这不起作用。 对于乘法，有函数＆＃34; crossprod＆＃34;但是我没有找到任何分裂的东西。

Answer 1

您可以使用outer。这是一个简单的（istic）e例子：

u <- 1:5
v <- c(3,7)

outer(u, v, "/")

结果是一个矩阵，其中5行（u）行中的系数为＃2，v中的系数为u[i] / v[j]列，行{{1}中的系数为i和col j。要在行u[j] / v[i]和列i中设置j，您可以使用转置运算符t：

M1 <- t(outer(u, v, "/"))

@shadow明智地指出outer将向量作为参数，而不是矩阵。这可以通过首先将矩阵转换为向量来轻松处理。

我们采用与以前相同的示例，但使用U和V两个矩阵而不仅仅是向量：

U <- matrix(1:5)
V <- matrix(c(3,7))
M2 <- t( outer(drop(U), drop(V), "/") )

另一个解决方案是稍微转换U和V并使用矩阵乘法运算符%*%：

M3 <- t( U %*% t(1/V) )