自升级到Mac OSX 10.10以来，从R控制台运行系统命令无法找到已安装的程序

Question

我一直有some weird issues与R（3.1.1）和RStudio（0.98.1079），我怀疑这是因为这些程序在升级到我之后不再引用正确的位置Mac OSX 10.10。

特别是，我似乎无法找到我知道我已安装在计算机上的软件包，以便在R控制台中使用system命令运行。也就是说，在终端窗口中运行man pdflatex会生成PDFLATEX的帮助手册。但是，从R控制台运行system('man pdflatex')会产生错误消息No manual entry for pdflatex.

自从我升级到Mac OSX 10.10后，即使我重新安装了R，RStudio和MacTex，问题仍然存在。任何帮助将不胜感激！

Answer 1

Yosemite有一个错误，其中一些环境变量（包括PATH）在具有不同值的程序环境中出现两次。例如，您可能会注意到Sys.getenv("PATH")会显示一个路径，而system("echo $PATH")会显示一个完全不同的路径。

我希望你的大部分问题都归咎于这个错误。

您可以立即尝试一些解决方法：

1. 您可以自己手动转发PATH。试试这个：

   > system2("man", "pdflatex", env=paste0("PATH=", Sys.getenv("PATH")))
   

2. 或者，您可以从终端启动RStudio：

   $ open /Applications/RStudio.app
   

R和RStudio工程师在过去几天都实施了变通方法。 R（截至3.1.2）和RStudio（截至0.98.1087）的行为应符合您的预期。

Answer 2

关于类似问题，有很多问题。当您将OS X更新为Yosemite或Sierra并且已安装旧版本的R时，所有这些都会出现。

最简单的解决方案是completely uninstall R（请注意有关使用which R的评论！），然后重新安装。

这也解决了诸如R在终端和GUI中显示不同版本号的问题。