从Mac OSX终端运行R.

Question

我在网上搜索过，我还不清楚如何从Mac终端运行R.我安装了Rstudio和独立的R app。我以为我可以像命令行一样在“python”中输入“R”，但这不起作用。是否有必要在我的bash配置文件中编辑PATH？如果是这样，我如何给出R的正确位置？

感谢您的帮助

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所以，我正在运行Sierra，当我在终端输入“r”或“R”时，我得到“-bash：R：command not found”。如果我输入，终端中的“哪个R”我没有得到任何输出。

以下是“echo $ PATH”的输出：/usr/local/heroku/bin:/opt/local/bin:/opt/local/sbin:/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/斌：/用户/ samuelcolon /蟒蛇/斌：/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.5/bin：/Users/samuelcolon/.rvm/gems/ruby-2.1.0/bin：/用户/ samuelcolon /。 rvm/gems/ruby-2.1.0@global/bin：/Users/samuelcolon/.rvm/rubies/ruby-2.1.0/bin：/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/bin：在/ usr /本地/ bin中：在/ usr / bin中：/ bin中：/ usr / sbin目录：/ sbin目录：/Users/samuelcolon/.rvm/bin：/Users/samuelcolon/.rvm/bin

至于安装，我相信我刚才从cran.r-project.org直接下载了它。我可以在我的应用程序中找到GUI并打开它 - 我有3.13版。有可能，我只安装R.app但不安装R？也许这就是我在终端输入“R”时得到'命令未找到'的原因？

一般来说，我一直在RStudio工作，但我仍然想从终端访问R并找到所在的位置。如果从方方面开始最简单，我可以删除并重新安装R.我希望额外的细节有所帮助，我很欣赏这些回复。

Answer 1

那些不熟悉Terminal和Bash的人的答案。

我已经从R.org网站上做了R的全新更新安装，作为寻找问题答案的一部分。

我发现这个最新的安装版本3.4.0安装了R以便在终端中访问，并且还安装了R.app作为软件包的一部分。

据我所知，阅读支持文档，如果你有一个旧版本的R它会更新它。但是它不会更新anaconda软件包安装的R安装。

R文件存储在哪里？

我只能假设通过全新安装的最新R，R将在终端中为您服务。

要了解正在访问的R文件的位置 - 在启动R后的终端中，在R.app中，键入：

>R.home()

以我的例子为例：

在R.app中 - 在顶级目录（不是我的用户文件夹）中访问R版本3.4.0：

R.home()
[1] "/Library/Frameworks/R.framework/Resources"

在终端中 - R版3.3.2在Anaconda包中访问，同样在顶级目录中访问。

R.home()
[1] "/anaconda/lib/R"

所以我有两个不同版本的R，终端访问R.app的不同版本。

如何确保我在终端中访问与在R.app中相同的版本？

对于熟悉bash的人，以及整个bash命令系统如何工作，我确信有一个构造良好的命令。这里都是一些新手解决方案。

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•第一个解决方案：

我可以更新anaconda版本，但是，我不希望像anaconda软件包的其他元素一样依赖于这个旧版本的R.对于那些还不熟悉终端和bash的人来说，不是这样的新手解决方案。

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•第二个解决方案：

此解决方案来自mko。它提供了一次性解决方案。从上面的结果，并进一步检查目录结构，找到这个R文件。

查找重要的R文件使我能够编辑R.app中显示的上述路径的扩展名。所以添加/ bin / R进入

/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R

输入并按回车将从此版本开始R.

或者，可以在GUI Finder中找到此文件和图标，由上述结果引导，只需双击它，它就会打开终端并为您运行R会话。简单！

还可以创建它的别名并将其放在桌面上以便日后启动。

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•第三个解决方案：

我认为我的最后一个解决方案可能是最好的，添加到mko的解决方案中。别名。

在终端I的主目录中，使用nano文本编辑器打开.bash_profile。 （如果您还不知道如何执行此操作，那么最好不要使用此解决方案。）

然后我在此env文件中添加该行。

alias Rv340='/Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R'

然后我保存更改并退出此终端会话。然后我打开一个新的终端窗口。 （这是对上面env的更改包含在新的终端会话中）。

然后当我输入别名时：

Rv340

我想要的R版本打开。

您可以为“Rv340”选择不同的别名。

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•第四个解决方案：

在终端中打开相同版本的R的第二个更永久的解决方案如下。

复制R.app中显示的路径以响应上面的R.home（）命令，并将该路径添加到.bash_profile中的PATH。 （如果您还不知道如何执行此操作，请忽略此解决方案。）请执行以下操作。

export PATH="/Library/Frameworks/R.framework/Resources:$PATH"

根据我的理解，这可以确保bash在这里查找R（以及其他任何内容），然后转到PATH中的其他路径。由于这会将此路径添加到$ PATH（一个env变量）的开头，因此bash首先在此处查找首先找到较新版本的内容，然后停止查找。

在.bash_profile中设置的env中理解PATH时，以下两个链接很有帮助。

About PATH.

How to correctly add a path to PATH.

这个解决方案可能会因为anaconda调用R而陷入困境。我还没有检查过这个问题。

Answer 2

首先，您必须启动终端应用程序。您可以使用内置的Terminal.app，也可以使用替换。我最喜欢的是iTerm2

https://www.iterm2.com

然后，您只需打开终端窗口并运行R.如下所示：

与R玩得开心！

Answer 3

在MacBook（MacOS BigSur）上安装R-4.0.3.pkg时遇到了同样的问题。可以在笨拙的R GUI中打开R.app，但是在终端中键入“ R”无效。

结果是，R可执行文件位于此处：/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/bin/R

因此我将此别名添加到了新创建的.zshrc脚本中：

alias R '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/bin/R'

现在，当我输入R时，它会打开...我发誓这一切在早期版本中都是无缝发生的。

Answer 4

在macOS上以管理员权限打开RStudio的简单方法：

1. 转到应用程序，然后右键单击RStudio
2. 选择“显示包装内容”
3. 转到目录/ MacOS
4. 现在打开终端（在bash模式下）。键入sudo并将RStudio.exec拖到终端中，然后按ENTER

现在RStudio将具有管理员权限！

Answer 5

您可以创建从 R 和 Rscript 二进制文件到 /usr/local/bin 的符号链接，以将它们添加到 PATH：

sudo ln -s /Library/Frameworks/R.framework/Versions/Current/Resources/bin/R /usr/local/bin
sudo ln -s /Library/Frameworks/R.framework/Versions/Current/Resources/bin/Rscript /usr/local/bin

现在 which R 应该返回 /usr/local/bin/R，您可以使用 R。

Answer 6

目前 CRAN 的 R 安装包中存在一个错误，导致它没有正确安装到 R 和 Rscript 的符号链接以供命令行使用。我刚刚通过检查他们 4.0.5 安装包中的 postflight 脚本来验证这一点。这仅影响 20 及更高版本的 MacOS 系统版本（您可以查看 uname -r）。

我在此处提供了更多信息，以及“正确”修复应该是什么：手动创建指向 /usr/local/bin 的符号链接，指向 R 和 Rscript 二进制文件本身。如果这是当前的挑战，那么这将是创建别名或以各种方式操作 PATH 的更好的解决方案，因为这是安装包打算执行的操作（并且可能很快会再次执行）。

R: command not found

简而言之，如果这是问题所在，那么直接创建符号链接的 Ashkan Mirzaee 的答案 (https://stackoverflow.com/a/67202173/2093929) 在形式上是正确的，但可能没有正确的链接命令。 4.0.5 包打算改为使用：

    mkdir -p /usr/local/bin
    cd /usr/local/bin
    rm -f R Rscript
    ln -s /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R .
    ln -s /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/Rscript .