在R中应用相关矩阵的阈值

Question

我目前正在研究使用R的数据集。我已经为我的变量创建了一个关联martix（Pearson）。但是现在我想为矩阵中显示的值设置一个阈值。 我正在尝试以下代码：

cor_relation = cor(mydata_frame, use="all.obs", method="pearson")

我得到以下输出：

             200605_s_at      202592_at      202958_at
200605_s_at  1.000000000     0.295065389     0.169772244
202592_at    0.695065389     1.000000000     -0.534394180
202958_at    0.869772244     -0.534394180    1.000000000

我想找到以下输出（当我把阈值设为0.6时）：

             200605_s_at      202592_at      202958_at
200605_s_at  1.000000000        NA              NA
202592_at    0.695065389     1.000000000        NA
202958_at    0.869772244        NA           1.000000000

提前感谢您的帮助！

Answer 1

is.na(cor_relation) <- abs(cor_relation) < 0.6

将使用NA替换绝对值小于0.6的所有系数。

Answer 2

备用：

cor_relation[abs(cor_relation) < 0.6] <- NA