Question

我有一些RNA配对文件，我使用tophat来对齐

~/tophat-2.0.7.Linux_x86_64/./tophat -p10 --segment-length 18
--no-coverage-search --segment-mismatches 1 -G

然后samtools

samtools sort -n /media//PRE_6_8_2/accepted_hits.bam
/media/PRE_6_8_2/PRE_6_8_2.sort.hg19.bam

然后

samtools view /media/PRE_6_8_2/PRE_6_8_2.sort.hg19.bam.bam
/media/PRE_6_8_2/PRE_6_8_2.sort.hg19.sam

然后我尝试使用DEXSeq并使用

python2.7 /home/3.0/DEXSeq
/python_scripts/dexseq_count.py -p yes -r name -s no
/media/PRE_6_8_2/hg19/hg19_IlluminaAnnotation_genes.gtf
/media/PRE_6_8_2/PRE_6_8_2.sort.hg19.sam
/media/PRE_6_8_2//PRE_6_8_2/untreated1fb.txt

并给我

_ambiguous 0
_empty 39845364
_lowaqual 0
_notaligned 0

没有任何外显子的读数。 0为一切

而使用htseq-count -r名称-s并不是一切都很好（读取基因）...

你能告诉我如何解决它吗？我真的需要运行DEXseq，因为我希望每个外显子读取以检测剪接差异。

提前感谢您的帮助

Answer 1

我有类似的问题，请使用正确的基因组参考文件/基因注释文件（通过展平从参考基因组中下载的.gtf文件获得的.gff文件），您将获得外显子的计数。

dexseq_count.py vs htseq-count

1 个答案: